Peptidoglikan memiliki ketebalan yang bervariasi. Pada Eubacteria, dinding selnya mengandung peptidoglikan, sedangkan pada Archaebacteria tidak. Dinding sel dapat mempertahankan bentuk sel, memberikan perlindungan fisik, menjaga sel agar tidak pecah dalam lingkungan yang mempunyai tekanan osmotik yang lebih rendah, serta melindungi sel dari tekanan turgor yang disebabkan oleh tingginya konsentrasi protein dan molekul lain dalam tubuh dengan lingkungan luar.
Sitoplasma, sebuah organel lain yang cukup terkenal dalam sitologi. Merupakan cairan koloid yang mengansung molekul organik seperti lemak, protein, karbohidrat, garam-garam mineral, DNA, enzim, klorosom pada bakteri fotosintetik, dan ribosom. Sitoplasma memiliki peranan penting yaitu sebagai tempat terjadinya reaksi-reaksi metabolisme sel, khususnya sel bakteri.
Ribosom merupakan organel-organel kecil yang tersebar dalam sitoplasma, di mana organel ini adalah tempat sintesis protein yang penting bagi kelangsungan hidup bakteri. Ribosom terdiri atas senyawa protein dan RNA. Jumlah ribosom dalam sel bakteri bisa mencapai ribuan. Membran plasma, terdiri atas senyawa fosfolipid dan protein yang bersifat selektif permeabel yaitu hanya dapat dilewati oleh zat-zat tertentu. Membran plasma membungkus sitoplasma dan mengatur pertukaran zat-zat pada sel bakteri.
DNA dalam bakteri, DNA kromosom dan DNA nonkromosom (plasmid), memiliki peranan yang sangat berguna bagi spesies bakteri, sebagai pembawa sifat sang induk. DNA kromosom yaitu materi genetik yang menentukan sebagian besar dari sifat metabolisme bakteri sedangkan Plasmid hanya menentukan sifat tertentu. DNA berfungsi menentukan sebagian besar sifat metabolisme bakteri dan menentukan sifat khusus bakteri seperti sifat fertilisasi, sifat pantogen dan sifat kekebalan pada antibiotik.
Bagian yang satu ini disebut kapsul, karena bentuknya saja sudah seperti kapsul yang kita jumpai pada obat-obatan. Lapisan terluar ini melapisi dinding sel pada jenis bakteri tertentu, ketebalannya beragam. Kapsul terdiri atas glikoprotein yaitu senyawa campuran antara glikogen dan prorein.Â
Sedangkan lapisan lendir terdiri atas air dan polisakarida. Kapsul berperan sebagai alat pertahanan dan pelindungan bakteri, sebagai alat melekat bakteri pada sel inang, serta mencegah kekeringan pada sel bakteri. Dari sini juga dapat kita ambil fakta lain tentang bagaimana bakteri bisa bertahan di mana saja.
Alat gerak pada bakteri yang kita ketahui ialah Flagela, sebuah bulu cambuk yang tersusun dari senyawa protein dan berlokasi di dinding sel.
Dimana pergerakan flagelanya dilakukan secara terarah. Bakteri dapat bergerak menuju atau menjauhi rangsangan, gerakan ini biasa disebut taksis. Sedangkan apa yang pada bakteri bentuknya mirip bulu atau rambut pendek bernama Fimbria, organel berisi protein ini menonjol dari membran kebanyakan bakteri. Umumnya fimbria pendek dan terdapat hampir di seluruh permukaan sel bakteri. Fimbria membantu bakteri untuk menempel pada medium tempat hidupnya, dan berperan membantu reproduksi bakteri secara konjugasi.
Klorosom pada bakteri berada pada bagian bawah membran plasma. Klorosom mengandung klorofil (pigmen hijau yang biasanya ada pada tumbuhan) dan pigmen lain yang berperan dalan fotosintesis, khususnya pada bakteri fotoautotrof yang dapat membuat nutrisinya sendiri. Bakteri juga memiliki vakuola gas yang berguna agar bakteri dapat mengapung di permukaan air untuk mendapatkan cahaya, dengan demikian juga dapat dibuktikan kehidupan bakteri pada lingkungan berair.
Lepas dari penjelasan penulis mengenai organel-organel pada bakteri , sebenarnya itu saja tidaklah cukup dalam menopang kehidupan bakteri. Kini, penulis hendak mengemukakan sedikit mengenai bagaimana bakteri hidup dan mendapatkan makanannya. Tadi dijelaskan bahwa bakteri memiliki klorosom, dimana bakteri dapat melakukan fotosintesis, bakteri semacam itu disebut sebagai bakteri autotrof.Â
Bakteri dapat berfotosintesis menggunakan energi yang berasal dari cahaya matahari (fotoautotrof) dan menggunakan energi kimiawi (kemoautotrof). Di sisi lain, bakteri juga mendapatkan nutrisinya dengan menguraikan organisme yang sudah mati atau zat organik lainnya (disebut saprofit), atau dengan 'mencuri' dari organisme lain yang ditumpanginya (disebut parasit). Nah, bakteri semacam inilah yang bersifat patogen/membawa penyakit, seperti yang sudah penulis cantumkan di atas.
