Seiring dengan berkembangnya ilmu pengetahuan dan teknologi, teori atom terus mengalami perkembangan secara bertahap sehingga dalam beberapa hal teori atom Dalton bertentangan dengan teori lain yang melibatkan berbagai fakta dan eksperimen. Dengan demikian adapun pertentangan yang termasuk ke dalam kelemahan dari teori atom Dalton yaitu:
1. Atom masih bisa terbagi lagi menjadi partikel-partikel yang lebih kecil karena terdiri atas berbagai partikel sub atom.
2. Atom-atom dari unsur yang sejenis belum tentu identik karena dapat memiliki massa yang berbeda (isotop) berdasarkan pada perbedaan jumlah neutron di dalam inti atomnya. Â
3. Atom dapat diubah menjadi atom lain melalui reaksi nuklir.
4. Tidak semua unsur terdiri atas atom-atom, melainkan ada pula yang terdiri atas molekul-molekul yang sejenis dengan jumlah tertentu.
Meskipun teori atom Dalton memiliki banyak kelemahan, namun melalui hal tersebut minat para ilmuwan untuk melakukan penelitian lebih lanjut mengenai model atom akan terus meningkat sehingga teori mengenai atom akan terus mengalami perkembangan secara bertahap.
2. Teori Atom J.J. Thompson (1856-1940)Â
Pada tahun 1886 Eugene Goldstein melakukan penemuan terhadap materi bermuatan positif sebagai berkas sinar anode atau sinar kanal atau sinar terusan yang dapat dibelokkan oleh medan listrik menuju arah kutub negatif sehingga diidentifikasikan sebagai proton. Kemudian J.J. Thompson (1897) melakukan penelitian lebih lanjut mengenai sinar katode dapat dipastikan bahwa sinar katode merupakan partikel penyusun atom yang bermuatan negatif, sebab diantara katode dan anode terdapat baling-baling yang dapat memutar, dan kemudian pada tahun 1926 disusul oleh Chandwick dalam melakukan penemuan terhadap neutron. Dengan demikian ketiga penemuan tersebut menjadi dasar bagi para ilmuwan untuk menunjukkan bahwa sebagian dari teori aton Dalton mengalami kekeliuran. Melalui penemuan elektron, Thomson memperbaiki kelemahan dari teori atom Dalton dengan menyusun teori model atom roti kismis yang menyatakan bahwa, "Atom merupakan bola pejal yang bermuatan positif dimana di dalamnya terdapat elektron yang bermuatan negatif." Teori model atom ini juga dapat digambarkan seperti jambu biji yang sudah dilepas kulitnya. Elektron yang tersebar digambarkan melalui biji jambu yang tersebar merata dalam daging jambu yang pejal, sehingga model atom Thompson ini juga dianalogikan sebagai bola positif yang pejal.
Melalui teori tersebut adapun kelebihan dan kekurangan dari teori model atom Thompson adalah sebagai berikut.
1. Kelebihan
Memperbaiki teori atom Thompson dengan pembuktian bahwa terdapat partikel lain dalam atom yang bermuatan negatif dalam atom. Â
