Ada 2 jenis dalam melakukan transplantasi sel punca, yaitu transplantasi sel punca Autolugus dan transplantasi sel punca Allogenik. Transplantasi Autolugus dilakukan dengan cara menggunakan sel-sel punca milik pasien sendiri yang kemudian dibekukan dan disimpan. Sel punca tersebut nantinya akan ditransplantasikan kembali 2 kali ke tubuh pasien dengan jarak 3-6 bulan. Kelebihan dari transplantasi ini adalah lebih sedikit berisiko penolakan dan lebih sedikit efek samping. Namun dari transplantasi ini juga ada kelemahannya, yaitu sel-sel kanker mungkin belum sepenuhnya hilang dan memerlukan radiasi serta kemoterapi.
Transplantasi yang kedua disebut transplantasi Allogenik. Transplantasi ini dilakukan dengan menggunakan sel pedonor, biasanya dari relawan atau kerabat. Biasanya transplantasi ini dilakukan jika transplantasi Autolugus gagal dilakukan dengan baik atau khusus dilakukan oleh pasien menderita leukemia, dan limfoma agresif. Kelebihan dari sel ini adalah bebas dari kanker karena menciptakan sistem kekebalan tubuh baru yang terus berkembang setelah proses. Namun transplantasi ini juga mempunyai kekurangan, yaitu resiko efek samping yang besar dan pemulihan akan menjadi lebih lambat karena adanya ketidakcocokan antara sel punca dari luar dengan tubuh pasien.
Metode jenis transplantasi akan bergantung pada usia pasien, jenis dan tingkat keparahan penyakit, jumlah saudara kandung dari pasien, dan tingkat kerusakan sumsum akibat radiasi atau kemoterapi.
Resiko yang dapat terjadi dari penggunaan transplantasi sel punca adalah :
1.Perkembangan sel punca embrionik dapat menjadi tidak teratur atau secara singkat berkembang menjadi beberapa jenis sel.
2.Graft-versus-host disease
Sistem kekebalan tubuh pasien menggangap sel punca dari donor sebagai benda asing sehingga menolak sel tersebut.
3.Infeksi
4.Infertilitas
5.Munculnya kanker baru
6.Katarak
