Dalam sebuah penelitian yang mendalam Zamakhsari Dhofier dalam bukunya Tradisi Pesantren edisi revisi (2011), Â Pesantren di Nusantara telah eksis pada tahun 1200 M ini ditandai dengan sudah terberbentuknya kesultanan Islam di Lamreh Sumatera. Dan sebagai kota kosmopolitnya adalah Barus, sekaligus pusat Pendidikan keislaman.Â
Barus sebagai pengahasil minyak wangi (bukan kapur barus) berkelas yang di sukai raja dan pangeran-pangeran Arab,  Juga Cina.  karena itu Barus sering dikunjungi para pedagang mancanegara, sehingga bermunculan pemukiman-pemukiman dan pada akhirnya  terbentuk lembaga-lembaga pendidikan (pesantren).
Pesantren Genuine produk lokal Nusantara telah menancapkan secara kokoh faham Ahlisunnah waljama'ah yang berbeda dengan pemahaman islam modern kala itu.Â
Di mana Islam modern kala itu kurang menghargai tradisi keagamaan termasuk mereka menolak tassauf. Tradisi Pesantren, kyai memahami agama setelah melalui perjalanan panjang nyatri bahasa Zamakhsari Dhofier "santri kelana" atau musafir Ilmu.Â
Dengan perjalanan panjang sebagai santri kelana sudah barang tentu pengetahuan pemahaman keagamaan lebih komprehenshif. Dari satu guru ke guru yang lain sesuai kompetensi keilmuan dari ilmu nahu, shorof, hadist, tafsir, ushul fiqh, teologi, mantiq, dan tassauf.
Dari sini terpacang. Pemahaman keagaman luas sekaligus lentur, karena mendialogkan teks suci juga ordonansi agama dengan konteks sosial. Sementara yg menganggap modern kala itu pemahamannya terpaku kepada al-Qur'an dan Sunnah secara skriptual atau tekstualis, sehingga dengan gampang menuduh kyai-kyai sebagai ahli bid'ah dan Khurafat. Di samping dituduh sebagai Islam Kolot tanpa dasar sebagaimana narasi yang di bangun Deliar Noer.
Tradisi pesantren dalam tauhid berdasar al-Qur'an juga Sunnah serta interpretasi Abu Hassan Al-Asyar'i dan Abu Mansyur Al-Maturidi
Faham ini menengahi antara Qodiriyah dan Jabariyah.Â
Dalam Hukum menganut tradisi Mazhab, sementara mereka Non Mazhab. Dan yang paling membedakan ahlusunnah waljamaah Tradisi pesantren dengan kelompok modern kala itu adalah dalam bidang tassauf. Para kyai merupakan pengamal Thariqat.Â
Bahkan salah satu ulama Nusantara mampu menyandingkan thoriqat qadiriyah naqshabandiyah yang berpusat di Makkah kala itu, Sang ulama itu adalah Syeikh Ahmad Khatib Sambas.
Padangan pesantren dalam keagamaan tidak kacamata kuda walaupun dicap sebagai kaum tradisionalis. Padahal dalam ketradisionalisan Kyai mampu meramu antara ajaran agama dan tradisi lokal yang baik.Â