Dalam menjalankan anti BEPS, otoritas perpajakan dihadapkan pada sejumlah tantangan yang kompleks.Yang pertama adalah kurangnya sumber daya. Otoritas perpajakan sering kali menghadapi kekurangan sumber daya manusia, teknologi dan keuangan yang diperlukan untuk melaksanakan pengawasan dan penegakan hukum terhadap praktik BEPS. Kekurangan sumber daya ini dapat membatasi kemampuan mereka untuk melakukan audit yang mendalam dan menyelidiki transaksi lintas batas yang kompleks. Transaksi yang melibatkan perusahaan multinasional eringkali sangat kompleks dan melibatkan entitas di berbagaiyurisdiksi dengan struktur kepemilikan yang rumit. Hal ini dapat menyulitkan otoritas perpajakan untuk mengidentifikasikan  dan menggali praktik BEPS yang mungkin terjadi.
Tantangan berikutnya adalah ketidakselarasan antara peraturan perpajakan di berbagai yurisdiksi yang dapat menciptakan celah hukum yang memungkinkan perusahaan multinasional untuk memanfaatkannya dalam melakukan penghindaran pajak, Otoritas perpajakan perlu bekerja sama dengan otoritas pajak dari negara lain untuk mencapai kesepakatan tentang standar dan prinsip perpajakan internasional yang konsisten. Kemudian, untuk menegakkan hukum dan menghindari sengketa perusahaan, otoritas perpajakan perlu menyusun bukti yang kuat untuk mendukung klaim mereka terkait dengan praktik BEPS. Hal ini memerlukan waktu, sumber daya dan keahlian yang substansial.
Untuk otoritas pajak sendiri, kritik yang dapat disampaikan dalam praktik anti BEPS misalnya sulitnya otoritas pajak menghadapi tantangan dalam mencocokkan keahlian dan kapasitas untuk mengimbangi ahli pajak dan penasihat keuangan yang terampil yang sering dimiliki oleh perusahaan multinasioan yang memiliki sumber daya keuangan dan kemampuan teknis yang besar.  Lalu, otoritas pajak yang seringkali tidak mampu mengahadapi tekanan politik dan eksterna, baik dari  dalam negeri maupun luar negeri, yang dapat menghalangi uoaya mereka untuk mengeakkan aturan anti BEPS dengan tegas. Keterlibatan kepentingan politik atau ekonomi tertentu juga dapat mempengaruhi independensi dan objektivitas otoritas pajak.
Kritik ini menekankan pentingnya untuk otoritas pajak untuk meningkatkan transparansi, bekerja sama antar negara, memperkuat kapasitas teknis dan sumber daya, serta memastikan independensi dan objektivitas dalam menjalankan tindakan anti BEPS.
