Perlu diketahui, walau baru saja dilantik sebagai presiden. B. J. Habibie dan para anggota kabinet sudah dihadapkan pada situasi sangat sulit untuk membantu Indonesia keluar dari jurang permasalahan pelik. Salah satunya, krisis moneter terparah yang terjadi pada 1998. Â
Tak cukup sampai di situ, turunnya nilai mata uang rupiah yang diakibatkan utang luar negeri yang telah menumpuk menyebabkan rusaknya daya produksi baik di sektor industri, usaha kecil, hingga menengah dan ditambah turunnya produksi beras pada saat itu.Â
Hantaman musim kemarau di tahun itu, serta maraknya kerusuhan di beberapa titik kota di Jakarta selama tahun 1997-1998 menyebabkan keadaan Indonesia pada saat itu menjadi tak terkendali.
Walau dihadapkan pada banyak masalah rumit, perlahan-lahan Indonesia mulai bangkit di masa pemerintahan B.J. Habibie. Beliau beserta kabinetnya mampu menjalankan beberapa kebijakan di antaranya yang utama yakni reformasi ekonomi dengan tiga tujuan utama, yaitu merekstrukturisasi dan memperkuat sektor keuangan dan perbankan, memperkuat basis sektor riil ekonomi,dan menyediakan jaringan pengaman sosial bagi mereka yang paling terdampak krisis ekonomi.
Selain itu, prestasi yang diperoleh selama masa pemerintahan Habibie antara lain kembalinya kebebasan dan kewenangan PERS atau media berita untuk menerbitkan segala berita tanpa harus menghadapi intimidasi dan intervensi pemerintah, menurunnya laju inflasi dan nilai tukar rupiah, dilepaskannya BI (Bank Indonesia)  dari pemerintah sehingga dapat menentukan kebijakan yang independen, dan  dilaksanakannya pemilu besar dan demokratis dengan 48 partai peserta.
Walau menghasilkan beberapa prestasi jabatan selama masa singkat pemrintahannya, Habibie sendiri pernah mengambil beberapa kebijakan yang dianggap kontroversial. Salah satunya yakni pelepasan atau kebijakan referendum yang diberikan kepada Timor Leste.Â
Ada beberapa hal yang melatarbelakangi mengapa kebijakan tersebut harus diambil. Melalui surat resmi yang disampaikan pada 27 Januari 1999 yang dutujukan kepada Sekretaris Jenderal PBB yaitu Kofi Annan, Habibie menyampaikan bahwa subsidi moneter yang diberikan pemerintah Indonesia selama ini tak sebanding dengan manfaat yang didapatkan oleh Timor Timur.Â
Maka dari itu, perlu diadakan referendum bagi Timor Timur pada waktu itu. Pada 5 Mei 1999, PBB mengadakan pertemuan dengan pemerintahan Indonesia dan pemerintahan Portugis di New York guna membahas pelaksanakan referendum Timor Timur.
Kebijakan Referendum bagi Timor Timur
Pada akhirnya, tepatnya tanggal 30 Agustus 1999 referendum pun digelar. Masyarakat Timor Timur pun resmi mengikuti prosesi jajak pendapat dengan disodorkan dua pertanyaan. Pertama, apakah Anda menerima otonomi khusus untuk Timor Timur dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia? dan opsi kedua, apakah Anda menolak otonomi khusus yang diusulkan untuk Timor Timur, yang menyebabkan pemisahan Timor Timur dari Indonesia?.
