Namun, terkadang betapapun hati-hatinya seorang pengemudi (Masinis, dan Asisten Masinis) mungkin tidak dapat melihat rintangan di jalur kereta tepat pada waktunya. Kurangnya waktu yang cukup untuk bertindak untuk menghindari halangan dapat menyebabkan kecelakaan kereta api.
Kurangnya rambu-rambu, dan berfungsinya rambu-rambu  di perlintasan kereta api. Kecelakaan kereta api juga bisa terjadi karena tidak adanya peringatan yang memadai di perlintasan kereta api. Faktanya, sebagian besar persimpangan tidak memiliki rambu peringatan yang sesuai.
Penyebab utama kecelakaan di perlintasan kereta api antara lain bisa terjadi kemungkinan gangguan pengemudi (Masinis, dan Asisten Masinis), jarak pandang yang buruk, mabuk, dan pengemudi yang mencoba memacu kereta. Kecelakaan kereta api di perlintasan kereta api juga terjadi akibat adanya hambatan yang sering menghalangi pandangan pengemudi.
Kesalahan manusia (human error). Kecelakaan kereta api bisa terjadi karena kesalahan manusia. Misalnya, jika seorang pengemudi tidak memiliki pengalaman luas mengemudikan kereta api (Masinis, dan Asisten Masinis), kecelakaan bisa saja terjadi. Namun, orang yang memiliki pengalaman sebagai Masinis yang luas juga dapat melakukan kesalahan dan menyebabkan kecelakaan tersebut.
Ada pula kemungkinan terjadinya kecelakaan kereta api karena kemungkinan akibat cape dan kelelahan pengemudi (Masinis, dan Asisten Masinis). Terkadang seorang pengemudi kereta (Masinis, dan Asisten Masinis) bisa sangat kelelahan dan masih terus mengoperasikan kereta api karena tekanan yang diberikan oleh perusahaan yang mempekerjakannya. Ketika seseorang mengemudi dalam keadaan kelelahan, mereka cenderung membuat penilaian yang buruk dan membuat kesalahan lain yang dapat menyebabkan kecelakaan. Mungkin di Indonesia, sebagian besar kecelakaan kereta api terjadi karena penilaian yang buruk dan kesalahan manusia.
Gangguan pengemudi atau pejalan kaki. Kecelakaan kereta api tidak selalu disebabkan oleh kelalaian perusahaan kereta api atau karyawannya. Terkadang kecelakaan ini terjadi karena pejalan kaki dan pengemudi yang ugal-ugalan. Jika pejalan kaki terganggu atau tidak memperhatikan jalan, mereka bisa berhenti atau menyeberang rel pada waktu yang salah. Begitu pula ketika seseorang mengemudi dalam keadaan terganggu juga dapat menyebabkan tabrakan antara kereta dan kendaraan.
Kecelakaan kereta api juga bisa terjadi ketika pengemudi yang ugal-ugalan meninggalkan kendaraannya atau motor mobil truk muatan beras berada di jalur kereta api. Kecelakaan kereta api terkadang terjadi ketika pengemudi mencoba menyalip kereta api di perlintasan kereta api.
Kegagalan  mekanis.  Kecelakaan kereta api atau bahkan kereta bawah tanah sering terjadi karena kerusakan mekanis. Jika terjadi masalah mekanis, kecelakaan kereta api dapat terjadi meskipun operator kereta api dan pegawai kereta api telah melakukan semua tindakan keselamatan yang diperlukan. Suku cadang yang rusak dan kegagalan mekanis bukanlah hal yang umum dibandingkan penyebab kecelakaan kereta api lainnya, namun hal tersebut jelas merupakan salah satu faktor penyebab tabrakan.
Kesalahan mekanis pada kereta api sulit dideteksi. Kereta api berukuran besar dan memiliki banyak bagian yang bergerak serta sistem yang rumit. Untuk menyediakan tenaga listrik dan lokomotif yang diperlukan, semua bagian harus bekerja sama. Jika ada bagian dari sistem kereta api yang rusak, kecelakaan serius mungkin terjadi.
Kendaraan terjebak di rel kereta. Misalnya kasus KA Brantas, Dimana supir dan kernet dalam insiden kecelakaan antara kereta api (KA) 112 Brantas dengan truk tronton di Semarang, Jawa Tengah, pada Selasa (19/07/2023) lalu.
Kecelakaan kereta api bisa terjadi karena kendaraan terjebak di relnya. Jarang sekali kendaraan terjebak di perlintasan sebidang. Namun, kendaraan mungkin terhenti di perlintasan kereta api terutama karena penyesuaian mesin yang buruk. Jika kendaraan berhenti di perlintasan kereta api, pengemudi harus menghidupkan kembali kendaraannya. Jika kendaraan tidak dapat dihidupkan, hal yang paling bijaksana adalah pengemudi meminta orang lain untuk membantunya mengeluarkan kendaraannya dari rel secepatnya. Namun, jika timbul kasus di mana tidak ada waktu untuk mengeluarkan kendaraan sebelum kereta yang mendekat tiba di lokasi, tindakan segera yang harus dilakukan pengemudi adalah meninggalkannya dan menyelamatkan nyawanya.
Beberapa catatan historis akibat cedera apa yang paling umum terjadi dalam Kecelakaan Kereta Api yang mungkin dapat terjadi; Â Ada beberapa cedera yang diakibatkan oleh kecelakaan kereta api dan secara umum tingkat keparahannya bergantung pada banyak faktor seperti kecepatan lokomotif, jumlah penumpang, dan lain-lain. Akibat kecelakaan semacam ini, seseorang bisa tidak dapat beraktivitas secara normal selama bertahun-tahun, atau bahkan mengalami cacat tetap.
