Terakhir pada tahun 1861 ulasan kritis dari para ahli pada masanya, sesuatu yang mendorong Semmelweiss untuk menulis beberapa surat terbuka. Karena saat ini hubungan antara mikroba dan penyakit belum ditemukan, gagasan Semmelweis masih belum diterima oleh sebagian besar kalangan medis pada saat itu. Sebagai rasa ingin tahu, dapat disebutkan  istilah "refleks Semmelweis" baru-baru ini diciptakan, yang berarti secara otomatis membuang informasi yang tidak pantas tanpa pemeriksaan lebih dekat. Meskipun Semmelweiss tidak menambahkan pemikiran teoritis ilmiah baru, namun apa yang dilakukannya biasanya dianggap sebagai contoh klasik penerapan metode hipotetis-deduktif.
Setelah beberapa tahun menderita penyakit mental, Semmelweiss mengalami gangguan saraf pada Juli 1865. Kemungkinan dia mengidap penyakit Alzheimer (salah satu bentuk demensia pikun dini). Dia dirawat di rumah sakit jiwa di mana dia meninggal setelah 14 hari. Menurut tradisi, dia meninggal karena infeksi tertentu, namun menurut informasi yang lebih baru, diyakini kematiannya disebabkan oleh kenyataan  setelah masuk rumah sakit dia menjadi gelisah dan mungkin melakukan kekerasan, kemudian dia dianiaya secara fisik oleh staf dan kemudian meninggal.
