Pada tahun 1848 revolusi politik liberal melanda Eropa, dan Semmelweis mengambil bagian dalam peristiwa di Wina. Setelah revolusi dipadamkan, Semmelweis menyadari  aktivitas politiknya telah menambah hambatan dalam pekerjaan profesionalnya. Pada tahun 1849 ia dicopot dari jabatannya di klinik. Dia kemudian melamar posisi mengajar di universitas di bidang kebidanan tetapi ditolak. Segera setelah itu, ia memberikan ceramah sukses di Perkumpulan Medis Wina dengan judul "Asal Usul Demam Puerperalis". Pada saat yang sama, dia melamar sekali lagi untuk posisi mengajar, tetapi meskipun dia menerimanya, ada batasan yang dia anggap memalukan. Dia meninggalkan Wina dan kembali ke Pest pada tahun 1850.
Dia bekerja selama enam tahun berikutnya di Rumah Sakit St. Rochus di Pest. Epidemi demam nifas telah merebak di departemen kebidanan, dan, atas permintaannya, Semmelweis ditugaskan di departemen tersebut. Tindakannya segera mengurangi angka kematian, dan selama masa kepemimpinannya di sana, angka kematian rata-rata hanya 0,85 persen. Sementara itu, di Praha dan Wina, angkanya masih berkisar antara 10 hingga 15 persen.Â
Di bulan Juli 1846, ia menjadi direktur bangsal bersalin 1 di Rumah Sakit Universitas di Wina. Klinik 1 ini mempunyai angka kematian akibat demam di tempat tidur sebesar 12-13%, jauh lebih tinggi dibandingkan dengan klinik bersalin 2 yang mempunyai angka kematian sekitar 2%. Klinik bersalin 1 bahkan memiliki angka kematian lebih tinggi dibandingkan ibu yang memilih melahirkan anaknya di jalanan. Investigasi di rumah sakit mengajukan beberapa dugaan (hipotesis) tentang kemungkinan penyebabnya;
Infeksi menyebar melalui udara. Karena udara yang mencapai klinik 1 dan 2 seharusnya sama, hal ini dikesampingkan.
Kepadatan pasien lebih tinggi di Klinik 1 dan hal ini menyebabkan kondisi yang lebih buruk dengan angka kematian yang lebih tinggi. Saat memeriksa kepadatan pasien, tidak ada perbedaan besar yang terlihat di antara klinik-klinik tersebut, itulah sebabnya hal ini dikesampingkan.
Di klinik 1 ada calon medis. Di klinik 2, semua persalinan dilakukan oleh bidan. Bisa jadi calon dokter tersebut tidak terampil dan melukai perempuan tersebut. Karena tidak ada kerusakan yang terlihat, hal ini dikesampingkan.
Kematian di kalangan perempuan bersifat psikosomatis, disebabkan oleh pendeta yang melewati Klinik 1 pada saat kematian dan pemandangannya membuat para perempuan ketakutan. Semmelweiss membujuk pendeta untuk memberikan jalan lain tetapi hal ini tidak mempengaruhi angka kematian.
Penyebab tingginya angka kematian masih menjadi misteri, namun pada tahun 1847 terjadi terobosan yang tidak terduga. Rekannya Jakob Kolletschka jatuh sakit setelah menikam dirinya sendiri saat otopsi. Rekannya meninggal dan Semmelweiss mencatat  gejala dan perjalanan penyakitnya mirip dengan wanita yang terkena dampak di klinik bersalin.
Semmelweiss kini mengajukan hipotesis  mayat tersebut mengandung zat yang dapat berpindah ke pasien dan membuat mereka sakit. Saat ini, tidak ada seorang pun yang mengetahui apa pun tentang bakteri atau virus, itulah sebabnya pikiran Semmelwei pada dasarnya adalah sejenis racun. Semmelweiss memerintahkan agar seluruh dokter dan calon medis yang berada di bangsal bedah mayat harus mencuci tangan dengan larutan klor-kalsium sebelum diperbolehkan memasuki bangsal bersalin.
Hal ini menyebabkan angka kematian wanita di klinik 1 segera turun hingga hampir sama dengan di klinik 2. Semmelweiss mencoba mencuci semua instrumen yang digunakan di  klinik antenatal sebelum digunakan kembali. Melalui ini, dia hampir bisa menghapus lagu pengantar tidur anak-anak. Pimpinan Semmelweis, Profesor Johan Klein, sedang pergi pada saat eksperimen Semmelweis dilakukan. Ketika Johan Klein kembali, dia tidak senang dengan perkembangan tersebut dan mengesampingkan rutinitas mencuci tangan. Johan Klein-lah yang mengatur agar calon dokter yang melanjutkan otopsi harus belajar kebidanan di Klinik 1. Mengakui  Semmelweis benar berarti mengakui  program studi untuk calon dokter yang didirikan Johan Klein telah memakan banyak korban jiwa. wanita. Semmelweiss diberhentikan pada tahun 1848 dan dipaksa, mungkin karena alasan keuangan, untuk kembali ke Budapest.
Angka kematian akibat demam nifas meningkat di klinik bersalin 1 di Wina dan pada akhir tahun 1860 mencapai sekitar 35%. Selama ini, Semmelweis bekerja di Budapest dimana melalui rutinitas mencuci tangan dan mencuci peralatan, ia berhasil menurunkan angka kematian akibat demam anak hingga 0,85%. Ide Semmelweis berkembang pesat di Hongaria, tetapi sebagian besar negara Eropa lainnya tidak mengadopsi idenya. Salah satu kelemahan Semmelweis, yang mungkin berkontribusi pada fakta  ide-idenya tidak diterima secara luas, adalah kurangnya minat atau ketidakmampuannya untuk mendeskripsikan temuannya secara ilmiah dan mempublikasikannya.
