Paradoksnya, baru kemudian, pada masa Pencerahan, muncul gagasan  agama Kristen merupakan hambatan serius bagi perkembangan ilmu pengetahuan. Faktor penting dalam mitos ini adalah penentangan Voltaire dan rekan-rekannya terhadap Gereja Katolik karena kedekatannya dengan monarki absolut Perancis. Dalam situasi sosial seperti itu, menuduh para ulama memperlambat perkembangan ilmu pengetahuan adalah cara yang pasti untuk membangun gaya politik dan memperoleh popularitas tertentu di kalangan akademis.
Belakangan, pada abad ke-19, Thomas Huxley, seorang pembela setia Darwin, mengemukakan argumen ini dalam perjuangannya untuk membebaskan ilmu pengetahuan Inggris dari segala jenis pengaruh ulama. Citra buruk yang diadopsi oleh paham kreasionisme selama abad ke-20 dan buku-buku yang disebutkan di atas oleh orang Amerika Andrew Dickson White dan John William Draper berhasil meyakinkan masyarakat  agama Kristen dan ilmu pengetahuan dikutuk untuk terus-menerus bermusuhan.
Dalam Perjanjian Lama, terdapat contoh baik yang menggambarkan  agama tidak menentang pengembangan pengetahuan dan penggunaan akal. Pada zaman Samuel, Eli, Saul dan Daud hidup, terdapat sekolah pelatihan, sekolah para nabi di mana hukum Musa dan tulisan Ibrani lainnya digunakan untuk mendidik anak-anak. Tujuan dari sekolah ini adalah untuk menyediakan persediaan utusan secara teratur yang melaluinya Tuhan menyampaikan pesan kepada umat-Nya. Fungsi yang dilakukan oleh sekolah para nabi ini bersifat formatif, dan tidak berlebihan jika dikatakan  pembentukan tersebut memerlukan penggunaan pemikiran kritis. Upaya untuk menciptakan sekolah para nabi merupakan argumen yang kuat untuk menegaskan  agama mendorong perkembangan intelektual.
Belakangan, pada zaman Perjanjian Baru, terdapat sekolah-sekolah Yahudi yang disebut sekolah para rabi. Seorang rabi dianalogikan dengan seorang guru yang terkenal karena keunggulannya, karena pengetahuannya yang luas dan kemampuan untuk membedakan. Pendidikan merupakan komponen yang penting, oleh karena itu jika seorang anak berkesempatan masuk sekolah rabbi, rutinitas belajarnya terdiri dari doa, pembacaan Taurat (hukum), hafalan, dialog dan interpretasi, semuanya dipadukan dengan pekerjaan manual.
 Salah satu tujuan sekolah rabi adalah pelestarian tradisi lisan dan pengetahuan tentang sejarah bangsa Israel, serta hukumnya. Janganlah kita lupa  undang-undang ini terdiri dari undang-undang yang mengatur hubungan antar manusia, perlakuan terhadap tanah dan hewan, hubungan dengan kota tetangga, dan lain-lain. Para juru tulis  kelompok elit intelektual Yahudi yang mengabdikan diri mereka untuk menyalin manuskrip  memelihara koleksi ribuan salinan tulisan keagamaan. Agama mereka tidak menghalangi mereka untuk mengembangkan intelektual atau melestarikan dokumen sejarah.
Umat Kristen mengikuti tradisi melestarikan dan mempelajari naskah kuno untuk dipersembahkan kepada generasi mendatang.  Oleh karena itu, dalam agama Kristenlah filsafat dan teori Yunani muncul kembali melalui penyalinan dan distribusi manuskrip para filsuf kuno, meskipun sebagian besar gagasan filosofis tersebut sangat berbeda dan bahkan bertentangan dengan doktrin Kristen. Hal ini tidak akan terjadi jika umat Kristen menentang pemikiran kritis; Sebaliknya, mereka akan membakar atau menghancurkan naskah-naskah kuno tersebut, setidaknya dengan alasan  tulisan-tulisan Yunani dan Romawi dapat mengacaukan doktrin Kristen (seperti yang sebenarnya terjadi).
Demikian pula pada abad ke-16, pada masa penemuan Dunia Baru, Alkitab digunakan sebagai buku evangelisasi dan pendidikan. Dalam hal ini, teolog Juan Luis de Leon Azcarate menunjukkan: Kitab Suci adalah salah satu instrumen utama, jika bukan instrumen utama, yang digunakan oleh para penulis sejarah dan misionaris abad keenam belas untuk memahami realitas kompleks dari Dunia Baru yang baru "ditemukan". Firman Tuhan itulah yang ingin disebarkan dan ditanamkan oleh para misionaris di antara orang-orang India;
Tidak dapat dipungkiri  dalam perkembangan ilmu pengetahuan Alkitab digunakan sebagai instrumen pemahaman dan analisis,  para intelektual besar menggunakan Alkitab untuk memandu tindakan mereka dan melakukan refleksi kritis yang memandu kepemimpinan mereka. Azcarate menambahkan  Alkitab "terkadang  menjadi sumber inspirasi bagi para politisi dan umat beragama yang mencoba menggunakan Alkitab untuk menanggapi konflik-konflik besar yang disebabkan oleh (pertikaian) antar budaya dan wilayah."
Kita tidak mempunyai ruang untuk berargumen mengenai dampak besar yang ditimbulkan oleh agama Kristen sejak awal kemunculannya terhadap pendidikan berbagai bangsa di mana agama tersebut masuk. Dalam beberapa tahun terakhir, penelitian yang sangat baik mengenai topik ini telah terungkap yang menunjukkan bagaimana umat Kristiani selama dua ribu tahun telah memenuhi perintah Yesus kepada para rasul: "...pergi dan jadikanlah semua bangsa muridku  ajari mereka untuk menaati segala sesuatu yang Aku perintahkan memerintahkanmu" (Mat 28:19).
 Murid-murid Yesus menanggapi perintah ini dengan sangat serius, karena pada hari Pentakosta, Lukas menceritakan  mereka "tidak berhenti mengajar dan mewartakan Injil,  Yesus adalah Mesias" (Kisah Para Rasul 5:42). Demikian pula, Paulus menyebutkan  orang-orang Kristen secara aktif mengajar di Efesus, Korintus, Roma, Tesalonika, dan tempat-tempat lain. Dalam suratnya, sang rasul menegaskan  orang Kristen harus mendasarkan iman mereka pada pengetahuan (Filipi 1, Kolose 1).
Sudah di abad kedua era Kristen, Didache muncul , yang merupakan instruksi manual, terutama untuk orang yang beriman. Umat Kristen segera menyadari  pendidikan formal diperlukan bagi orang yang bertobat sebelum dibaptis, dan sekolah-sekolah dibentuk di gereja, katedral, dan biara, yang melayani pria dan wanita. Meskipun pada awalnya pendidikan ini hanya untuk menyebarkan doktrin Kristen, tak lama kemudian matematika, kedokteran, astronomi, tata bahasa dan lain-lain  dimasukkan. Sesampainya di masa Reformasi Protestan, baik Luther maupun Calvin menekankan pendidikan sekolah universal bagi anak laki-laki dan perempuan, dan tidak hanya mencakup doktrin Kristen, tetapi  apa yang disebut "seni liberal": membaca, menulis, berhitung, tata bahasa, dan lain-lain. Dengan cara yang sama, Roberto Rodriguez menjelaskan  perubahan substansial dimaksudkan untuk pendidikan yang terbuka bagi semua orang.
