Sekitar 500 SM, beberapa negara kota Yunani, yang terletak di pantai barat Asia Kecil, memberontak melawan Persia. Pemberontakan itu didukung oleh Athena dan beberapa negara kota lain dari daratan Yunani. Namun, pemberontakan tersebut dengan cepat dipadamkan oleh Persia, setelah itu raja Persia memutuskan untuk menghukum Athena dan negara-kota Yunani. Orang Persia dengan demikian akan memperluas wilayah mereka ke barat dan memasukkan Yunani ke dalam kerajaan besar mereka.
Perang yang terjadi antara Kekaisaran Persia dan negara-kota Yunani telah dikenal dalam penelitian sejarah Barat sebagai " Perang Persia ". Setelah Yunani akhirnya mengalahkan Persia di Marathon pada 490 SM, Salamis pada 480 SM dan Plataiai pada 479 SM, Yunani berhasil mempertahankan kemerdekaannya. Infanteri Persia dalam pertempuran dengan hoplites Yunani (prajurit lapis baja berat) selama Pertempuran Plataiai pada 479 SM.
Waktu setelah perang defensif melawan Persia pada abad ke-4 SM, Athena memperoleh posisi terdepan. Namun setelah beberapa perang saudara yang panjang, Athena akhirnya dikalahkan pada tahun 404 SM oleh saingan utamanya di antara negara-kota Yunani, Sparta. Selama masa ini, bentuk pemerintahan yang demokratis berkembang di Athena.
Prajurit Spartan dalam pertempuran. Negara-kota Athena dan Sparta adalah lawan politik satu sama lain. Di Athena, bentuk pemerintahan demokratis dikembangkan untuk warga negara bebas. Sedangkan Sparta adalah kediktatoran militer dimana setiap warga negara sejak kecil dibesarkan untuk menjadi prajurit dan mengabdi pada negara.
Periode antara Perang Persia pada awal abad ke-4 SM dan waktu sampai kematian Alexander Agung pada tahun 323 SM penuh dengan perang dan konflik, pertama perjuangan bersama orang Yunani melawan invasi Persia dan kemudian pertempuran internecine yang lama. antara negara-kota Yunani yang berbeda di mana Athena dan Sparta adalah saingan utamanya.
Terlepas dari semua kesengsaraan yang menimpa orang Yunani selama abad-abad ini, periode inilah yang dimaksud ketika kita berbicara tentang Yunani klasik. Pada masa inilah sebagian besar seni, sastra, filsafat, dan arsitektur yang kita kaitkan dengan Yunani kuno diciptakan. Alasan penting untuk masa kejayaan budaya ini adalah alfabet Yunani yang mudah dipelajari karena hanya berisi 20 karakter. Oleh karena itu, gagasan menyebar dengan cepat di Yunani kuno.
Agama sangat penting bagi orang Yunani, tetapi ada berbagai cara untuk menyembah dewa dan menafsirkan agama Yunani. Secara tradisional ada dewa Olympian yang mendapatkan namanya karena dikaitkan dengan Gunung Olympus atau Olympos tempat mereka tinggal. Pemimpin di antara para dewa ini adalah Zeus. Di bawahnya ada sejumlah dewa dan dewi lain, masing-masing dengan fungsi khusus mereka sendiri.
Selain itu, ada berbagai kultus misteri. Mungkin yang paling terkenal adalah oracle di Delphi, yang dipercaya bisa meramal masa depan. Di Athena, pemikiran kritis dan pertanyaan independen berkembang pada zaman kuno. Orang-orang berani mengkritik para dewa dan para filosof alam memiliki kebiasaan berpikir tentang bagaimana segala sesuatu terjadi dan bagaimana keberadaan bekerja. Filsuf Yunani yang paling terkenal adalah Socrates,  Platon dan Aristotle  yang aktif pada masa kejayaan Athena pada abad ke-4 SM. Filsuf Aristotle  merupakan guru dari pangeran Makedonia Alexander, yang pada akhirnya akan menjadi Alexander Agung.
Pada abad keempat SM, Yunani melemah dan rentan setelah puluhan tahun perang saudara antara negara-kota terkemuka Athena dan Sparta. Negara-kota kemudian ditundukkan oleh Raja Philip II dari Makedonia, Â sebuah kerajaan di ujung utara dunia Yunani. Dia meninggal segera setelah invasi dan digantikan oleh putranya Alexander. Melalui penaklukan di Timur Dekat, dia menciptakan salah satu kerajaan terbesar yang pernah ada di dunia. Oleh karena itu, dalam historiografi Barat, ia dikenal sebagai Alexander Agung.
Aleksander Agung (kiri) dalam pertempuran melawan raja Persia Darius III (tengah di atas kereta) selama Pertempuran Issus pada 333 SM, lantai mozaik ditemukan di Pompeii.
Setelah kematian Alexander Agung pada tahun 323 SM, kerajaannya yang luas terbagi. Budaya Yunani kemudian memiliki waktu untuk menyebar ke sebagian besar Timur Dekat di mana ia bercampur dengan pengaruh Asia. Dengan demikian budaya Yunani mengambil bentuk baru yang dikenal sebagai Hellenisme.