Dalam wacana filosofis kritis, metafisika mungkin telah dinodai oleh terjemahan Latinnya sebagai "supernatural," dengan implikasi teologis yang kuat. Tetapi sejak awal, buku-buku Aristotle  tentang "Filsafat Pertama" menganggap Tuhan sebagai salah satu penyebab yang mungkin dari hal-hal mendasar di alam semesta.Â
Menelusuri kemunduran penyebab kembali ke masa sebagai rantai tak terbatas, Aristotle  mendalilkan penyebab pertama atau " penyebab tidak masuk akal. " Di mana setiap gerakan membutuhkan penggerak sebelumnya untuk menjelaskannya, ia mendalilkan "penggerak pertama yang tidak tergerak." Dalil-dalil ini menjadi elemen utama teologi hingga zaman modern.
Metafisika adalah pembagian filsafat yang meliputi ontologi, atau ilmu tentang keberadaan,  dan kosmologi, atau ilmu tentang sebab-sebab mendasar dan proses-proses sesuatu. Arti utama metafisika berasal dari diskusi-diskusi oleh Aristotle  yang ia sendiri sebut sebagai Filsafat atau Teologi Pertama, dan yang berurusan dengan sifat seperti itu, dengan sebab-sebab pertama, permulaan atau asal-usul baru, dan dengan demikian dengan keberadaan Tuhan.
Bagi para filsuf abad pertengahan, metafisika dipahami sebagai ilmu yang sangat dapat dipahami. Albertus Magnus menyebutnya sains di luar fisik. Thomas Aquinas mempersempitnya untuk pengenalan akan Tuhan. John Duns Scotus tidak setuju, dengan alasan  hanya studi tentang dunia yang dapat menghasilkan pengetahuan tentang Tuhan. Para filsuf skolastik sebagian besar mengembalikan metafisika ke studi tentang keberadaan itu sendiri, yaitu ontologi, yang lagi-lagi hari ini adalah area inti dari argumen metafisika.Â
Dalam kebangkitan Jerman, Christian Wolff memperluas metafisika untuk memasukkan psikologi, bersama dengan ontologi, kosmologi, dan teologi natural atau rasional. Di Inggris masa kebangkitan, Francis Bacon mempersempit metafisika pada studi Aristotelian tentang sebab-sebab formal dan final, memisahkannya dari filsafat alam yang ia pandang sebagai studi sebab-sebab material dan efisien.
Descartes berbalik dari apa yang ada ke pengetahuan tentang apa yang ada. Dia mengubah penekanan dari studi menjadi studi tentang kondisi pengetahuan atau epistemologi.  Bagi para empiris di Inggris seperti John Locke dan David Hume,  metafisika mencakup hal-hal "primer" di luar psikologi dan pengalaman sensorik "sekunder". Mereka menyangkal  pengetahuan apa pun dimungkinkan selain dari penalaran eksperimental dan matematika. Hume berpikir metafisika adalah menyesatkan dan ilusi.
Jika kita mengambil volume apa pun di tangan kita; ilahi atau metafisika sekolah, misalnya; mari kita bertanya, Apakah ini berisi alasan abstrak mengenai jumlah atau angka; Â Tidak. Apakah ini berisi alasan eksperimental apa pun tentang fakta dan keberadaan; Â Kalau begitu, komit saja pada nyala api: karena itu tidak bisa apa-apa selain menyesatkan dan ilusi.
Di Jerman, Kant  dengan karya agung nya  Critques of Reason mengklaim sebuah dunia transendental, non-empiris yang ia sebut noumenal,  karena murni, atau apriori,  alasan di luar atau di belakang fenomena. Wilayah fenomenal Kant bersifat deterministik,  materi yang diatur oleh hukum gerak Newton.Â
Noumena immaterial Kant berada dalam ranah non-empiris metafisik dari "benda-benda itu sendiri" bersama dengan kebebasan,  Tuhan,  dan keabadian.  Kant mungkin telah mengidentifikasi ontologi bukan dengan hal-hal itu sendiri tetapi, dipengaruhi oleh Descartes, apa yang dapat kita pikirkan - dan alasan - tentang hal-hal itu sendiri. Dalam kedua kasus itu, Kant berpikir  pengetahuan metafisik mungkin mustahil bagi pikiran yang terbatas.
Gagasan  metafisika melampaui pengalaman dan dunia material menyebabkan positivis abad ke-19 seperti August Comte dan Ernst Mach,  dan empirisme abad kedua puluh seperti Rudolf Carnap dan Moritz Schlick, menyangkal kemungkinan pengetahuan metafisik. Carnap menyatakan  pernyataan metafisik tidak ada artinya. Â
Naturalisme adalah klaim anti-metafisik  tidak ada sesuatu pun di dunia ini di luar materi (termasuk energi),  segala sesuatu mengikuti "hukum alam," dan  hukum ini bersifat kausal dan deterministik.  Jadi "supernatural" tampaknya menyiratkan "tidak material" dan kebebasan untuk melanggar hukum alam.Â