Beberapa persepsi muncul  "Orang Indonesia mendekati orang Papua dengan rasisme dan sikap paternalistik,". "Perasaan menjadi bagian dari Indonesia tidak ada untuk orang Papua karena stigma yang diberikan kepada orang Papua bahwa kita adalah separatis, kita tidak dapat melakukan hal-hal seperti yang dilakukan orang Jawa, misalnya." "Pemerintahan Indonesia yang berturut-turut telah gagal menyelesaikan masalah ini atau mengurangi keluhan yang memicu gerakan kemerdekaan," katanya.
Paket Otonomi Khusus 2001 dirancang untuk mendukung pemerintahan sendiri yang lebih besar di Papua tetapi dalam kerangka negara Indonesia. Di bawah Otonomi Khusus pendapatan pajak yang dihasilkan oleh proyek sumber daya yang sebelumnya pergi ke pemerintah pusat di Jakarta seharusnya dikembalikan ke pemerintah provinsi di Papua Barat. Undang-undang ini  memungkinkan simbol-simbol Papua, seperti bendera Bintang Kejora, yang sebelumnya dikaitkan dengan gerakan kemerdekaan dan dilarang oleh pemerintah, untuk ditampilkan. Mekanisme struktural seperti senat adat (dikenal sebagai MRP - Majelis Rakyat Papua) dilembagakan untuk memfasilitasi ukuran pemerintahan sendiri Papua. Namun, dalam beberapa tahun terakhir keberhasilan ini telah dirusak, sebagian karena kurangnya kapasitas dalam layanan sipil, tetapi sebagian besar karena kegagalan oleh pemerintah provinsi dan pusat untuk menerapkan berbagai mekanisme hukum yang akan memungkinkan kebijakan untuk dioperasionalkan.
Kemajuan menuju pemerintahan sendiri dan transisi demokrasi semakin terhambat oleh perpecahan dalam gerakan, korupsi endemik oleh para pemimpin Papua di tingkat kabupaten dan pemerintah provinsi, budaya impunitas dan pelanggaran HAM yang sedang berlangsung oleh polisi dan militer Indonesia, dan campuran kebijakan yang membingungkan dan kontradiktif yang telah membuat Jakarta membagi wilayah itu menjadi dua wilayah administrasi yang terpisah. Gerakan tanpa kekerasan untuk menentukan nasib sendiri dan kemandirian terus berlanjut tetapi persaingan dan faksionalisme di antara organisasi-organisasi perlawanan telah dimitigasi terhadap kesuksesan.
Pada bulan Oktober 2010 dua koalisi yang bersaing sebelumnya, Koalisi Nasional Papua Barat untuk Pembebasan (terdiri dari sekitar 20 kelompok perlawanan) dan Konsensus Papua (terdiri dari Otoritas Nasional Papua Barat, PDP, dan DAP) membentuk kantor untuk Bangsa Papua (Sekretariat) Bangsa Papua atau SeBaPa) untuk memfasilitasi komunikasi dan koordinasi yang lebih besar antara kedua koalisi. Rekonsiliasi kedua koalisi difasilitasi oleh karya Pastor Neles Tebay, seorang imam Katolik, dan jurnalis yang telah membentuk Jaringan Damai Papua (JDP). Namun, pada saat penulisan pada bulan April 2011 Gereja, beberapa kelompok siswa, dan kelompok baru, ForDem (Forum Demokrasi  Forum untuk Demokrasi) tetap berada di luar SeBaPa.
Terlepas dari perbedaan yang tersisa di antara banyak kelompok yang terdiri dari gerakan Papua Barat, semua kelompok perlawanan, dan gereja-gereja, yang bersama-sama mewakili mayoritas pendapat Papua, tampak bersatu di sekitar tujuan perantara tunggal: untuk menolak Otonomi Khusus (dikenal di Barat) Papua sebagai Otsus). Untuk tujuan ini, DAP mengorganisir aksi massa pertama pada tahun 2005, memobilisasi sepuluh ribu orang untuk mengembalikan Otsus, yang dilambangkan dengan sebuah peti mati yang dibawa melalui jalan-jalan di Jayapura. Pada 2010, gerakan yang dihidupkan kembali yang diselenggarakan oleh ForDem menyatukan jaringan kelompok untuk mengembalikan Otsus ke Jakarta. Kampanye ini berpuncak dengan pawai sekitar 25.000 warga Papua dan pendudukan dua hari di parlemen provinsi setempat oleh beberapa ribu orang. Pendudukan ini mewakili target baru tekanan sipil karena alih-alih menuntut Jakarta atau komunitas internasional melakukan sesuatu, orang Papua mendapatkan rumah mereka sendiri dengan menuntut para pemimpin terpilih mereka mengadakan sesi khusus parlemen untuk membahas apakah Otsus gagal atau tidak.
Namun, perubahan nyata terlihat lambat, dan setelah pendudukan massa di parlemen, sulit bagi para pemimpin Papua untuk perlawanan sipil untuk meningkatkan perjuangan. Gereja-gereja telah meminta anggota MRP semua-Papua untuk mengundurkan diri dan bagi masyarakat internasional untuk menahan dana untuk Otonomi Khusus. Pemerintah pusat di Jakarta merespons dengan mengganti anggota MRP saat ini dengan mereka yang setia kepada negara. Pada saat menulis mantan ketua MRP, Agus Alua meninggal dalam keadaan yang dianggap "aneh" oleh para pemimpin kunci Papua yang dekat dengannya.
Perlawanan sipil oleh orang Papua telah menghasilkan beberapa tawaran terbatas dari pemerintah Indonesia, terutama pembentukan UP4B (Unit untuk Percepatan Pembangunan di Papua dan Papua Barat) serta pembicaraan tentang 'Komunikasi Konstruktif' antara Jakarta dan Papua, tetapi ada sedikit indikasi bahwa Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhuyono memiliki kemauan politik untuk mengejar reformasi demokrasi sejati di Papua Barat. Meskipun Presiden Yudhuyono berhasil menjembatani dialog dengan orang Aceh, yang diwakili oleh GAM (Gerakan Aceh Merdeka), Â belum memulai pembicaraan dengan orang Papua Barat. Lebih jauh, jika negosiasi politik akan terjadi tentang masa depan Papua Barat, mereka perlu terlihat sangat berbeda dari yang mereka lakukan di Aceh. Perjanjian Perdamaian di Aceh dipicu oleh tsunami Asia 2004 dan mitra dialog Jakarta adalah GAM, organisasi militer hierarkis dengan kepemimpinan yang tinggal di pengasingan.
Dalam kasus Papua Barat, ada dua perbedaan utama. Sebagai permulaan, budaya Papua menghargai pembicaraan dan kebersamaan, sehingga setiap pembicaraan akan membutuhkan tingkat transparansi yang jauh lebih tinggi jika mereka ingin diterima oleh mayoritas rakyat. Kedua, tidak seperti di Aceh tidak ada satu mitra dialog di Papua, ada beberapa. Pergerakan di Papua Barat adalah poly-centric (Kirksey 2011). Otoritas Nasional Papua Barat, misalnya, memiliki dukungan luas di tempat-tempat seperti Biak, Manokwari, dan Sorong, tetapi tidak di Dataran Tinggi. Komite Nasional untuk Papua Barat memiliki basis yang kuat di dataran tinggi tetapi tidak di selatan negara itu. Kelompok Papua lainnya memiliki sumber dukungan berbeda yang serupa. Oleh karena itu, setiap dialog perlu menyertakan banyak mitra dialog. Jaringan Perdamaian Papua dipimpin oleh Fr. Neles Tebay mendukung koordinasi di antara kelompok-kelompok yang berbeda ini.
Sementara orang Papua terus menekan untuk perubahan dari dalam ada perkembangan internasional terkait dengan konflik Papua Barat. Pada Oktober 2010 anggota Kongres AS Eni Faleomavega (mewakili Samoa Amerika) memfasilitasi audiensi khusus Kongres tentang pelanggaran hak asasi manusia. Beberapa pemimpin Papua termasuk beberapa penyelenggara mobilisasi Juli 2010 hadir. Sidang berlangsung dalam konteks perubahan norma-norma internasional yang halus namun signifikan terkait dengan ketidakberdayaan batas-batas negara pasca-kolonial. Dalam beberapa tahun terakhir Timor Timur, Kosovo, dan sekarang Sudan Selatan semuanya memperoleh kemerdekaannya.
Meskipun komunitas internasional dan Mahkamah Internasional, khususnya, belum mengakui hak untuk menentukan nasib sendiri, mereka telah menegaskan hak populasi untuk memisahkan diri, terutama ketika dihadapkan dengan kekerasan genosida, keruntuhan pemerintah, dan kegagalan kelompok etnis yang berbeda untuk berintegrasi.
Apakah dan bagaimana orang Papua dapat menekan kenyataan tentang apa yang mereka sebut "genosida gerak lambat", dikombinasikan dengan fakta setelah hampir 50 tahun berintegrasi dengan negara Indonesia, permintaan kemerdekaan tumbuh tidak berhenti, ada indikasi  pemerintah kurang maksimal khususnya di bidang kesehatan dan pendidikan.
