Salah satu ciri khas universitas di zaman Aquinas adalah apa yang disebut metode skolastik, yang diwujudkan dalam disputasi .
Sengketa adalah debat publik di antara para sarjana tentang topik atau pertanyaan tertentu dan berlangsung sesuai dengan format prosedural yang ketat.
Pertama, seorang guru mengajukan pertanyaan yang sudah diumumkan sebelumnya kepada siswa yang sudah mahir. Siswa ini kemudian mengambil posisi sehubungan dengan topik yang dimaksud.Â
Guru dan siswa lain kemudian membalas tanggapan siswa tingkat lanjut dengan keberatan, kemudian siswa tingkat lanjut berusaha untuk membantah. Pada suatu hari segera sesudahnya, guru meringkas berbagai argumen untuk dan melawan pertanyaan yang diperdebatkan dan memberikan keputusannya sendiri dalam determinatio .
Budaya debat publik yang penuh semangat ini mengarah pada pengembangan teknik-teknik argumentasi dan retorika yang halus. Terlatih di arena kecerdasan intelektual ini, Aquinas membuktikan dirinya sebagai salah satu praktisi terpentingnya.Â
Struktur dan topik Summa Theologica dan Summa Theologica contra Gentiles berasal langsung dari tradisi ini, dan kedua karya pada dasarnya adalah transkrip debat yang dilakukan sesuai dengan aturan yang kaku dari sengketa tersebut .
Pengaruh terbesar Aquinas pada sejarah intelektual adalah perhatiannya yang bergeser dari karya-karya Platon kepada karya-karya Aristotle. Sebagian besar sejarah filsafat Barat melibatkan elaborasi, dan pengembangan ide-ide eksplisit atau implisit dalam tulisan-tulisan kedua filsuf Yunani kuno ini. Platon sangat berpengaruh di antara para pemikir dalam sejarah awal gereja, dan Santo Agustinus (354-430 Masehi), salah seorang Bapa Gereja, memperoleh banyak pandangannya dari tulisan-tulisan Platon.
Platon telah mempertahankan bahwa pemisahan yang tidak dapat dijembatani memisahkan dunia materi yang bersifat sementara, ilusif, yang kita rasakan dengan indera kita dan dunia realitas transenden yang tidak berubah dan abadi.Â
Bagi Platon, bidang Bentuk-bentuk yang kekal dan sempurna adalah satu-satunya objek studi yang tepat, mengandung karena ia merupakan satu-satunya realitas sejati. St Agustinus melihat filsafat Platon sebagai sangat sejalan dengan Kekristenan dalam konsep Platon tentang dua dunia, secara kekal sempurna dan yang lain secara inheren tidak sempurna, mencerminkan postulasi Kristen sendiri tentang dua duniawi dan ilahi.
Dalam kontrak, Aristotle telah dalam ketidakjelasan, jika tidak sepenuhnya dilupakan, sejauh menyangkut gereja, dan itu hanya berkat upaya para sarjana Yahudi dan Arab bahwa tulisan-tulisannya bertahan sampai Aquinas datang.Â
Dengan demikian, ajaran-ajaran Plato menjadi yang tertinggi dalam ortodoksi gereja ketika Aquinas sedang belajar. Aquinas menolak tradisi ini, memulihkan Aristoteles untuk Barat dan hampir secara sepihak meleburinya ke dalam ortodoksi Katolik.