Doktrin Polisi atau Militer
Pada dokrin yang mendasari satuan penanggulangan teror yang berbasis kepolisian, mereka  dilatih bukan untuk membunuh tetapi melumpuhkan. Contoh pasukan khusus anti teror milik Perancis, GIGN dilatih untuk menembak dengan senjata utama sub machine gun dengan sasaran di bahu untuk melumpuhkan sasaran teroris. Tujuannya memang diharapkan para begundal teroris ini masih hidup dan dapat diseret ke pengadilan. Kalau akhirnya dijatuhi hukuman mati pelakunya itu berdasarkan keputusan pengadilan.
Dengan persenjataan canggih yang dimiliki Densus 88 tersebut, dapat dikatakan, densus 88 Â memposisikan kedudukannya sejajar dengan militer, dimana dalam militer dilatih untuk mematikan musuh menggunakan senjatanya menembak di kepala, dengan cara double tap (menembak cepat dua kali) untuk memastikan sasaran yang ditembak mati, itu pun jika musuh jelas-jelas menggunakan senjata, jika tidak maka dilakukan penawanan sesuai dengan hukum HAM perang yang berlaku.
Dengan memposisikan seperti militer, tidak jarang dalam pelaksanaan tugasnya, Densus 88 sering kali melakukan tindakan diluar prosedurnya, fakta sejak dibentuk Densus 88, gembong teroris kebanyakan ditembak mati di tempat, mulai dari DR. Azhari, Noordin M. Top, Dulmatin, dan sejumlah tokoh lain yang pernah berhadapan dengan Densus 88. Yang terakhir adalah penangkapan dan penyiksaan terhadap terduga teroris Siyono, yang akhirnya meninggal dunia. Beberapa pihak menyebutkan matinya tersangka ini bisa menyebabkan lambannya penanganan teroris karena tidak ada interogasi lanjutan. Belum lagi perkara HAM dan persidangan.
Dalam  10 tahun terakhir upaya penindakan terhadap orang-orang yang terkait terorisme, sudah lebih dari 121 orang tewas diluar pengadilan. Berapa yang mengalami kekerasan fisik dan verbal ketika penindakan dan penyidikan? Hampir 90% semua orang yang ditangkap terkait terorisme mengalami keadaan seperti itu, penggunaan kekuatan yang berlebihan sering dilakukan Polisi.  Belum lagi soal perlakuan tidak sehat terhadap keluarga orang yang ditindak, intimidasi dan pembunuhan karakater kerap terjadi. Yang dikemudian hari fenomena tersebut secara laten telah meradikalisasi banyak kelompok bahkan akhirnya melahirkan dendam menjadi ideologi dari spiral kekerasan yang terus menggeliat.
Pelanggaran HAM
Berdasarkan catatan Komnas HAM, ada 10 kategori pelanggaran HAM yang dilakukan oleh Densus 88 dalam penanganan terorisme diantaranya ialah: perampasan kemerdekaan seseorang, adanya perampasan atas nyawa manusia, perampasan harta-benda, terjadinya penyiksaan, perlakuan yang kejam, penciptaan rasa takut dan ancaman, upaya penghambatan komunikasi, adanya pelanggaran penggunaan penasihat hukum dan pelanggaran atas hak beribadah.
Dari 10 kategori pelanggaran HAM itu, Komnas HAM menyimpulkan ada 4, pelanggaran yang sistemastis dan meluas yaitu, upaya pembunuhan, perampasan harta, penyiksaan serta perlakuan pelanggaran hukum serius terhadap para terduga jaringan teroris. Dengan banyaknya pelanggaran-pelanggaran HAM yang telah dilakukan oleh Densus 88 ini, sempat muncul gerakan-gerakan yang menginginkan Densus 88 ini dibubarkan, dengan alasan pelanggaran HAM dan juga menghabiskan uang negara.
Dengan adanya revisi UU teroris yang sedang dibahas oleh Tim Panitia Khusus (Pansus) DPR RI, diharapkan dapat dicari solusi yang baik dalam penanganan terorisme di Indonesia, apakah itu dengan dibentuknya tim pengawas yang betul-betul independen dan berintegritas untuk mampu kontrol penuh mulai dari hulu sampai hilir dari proyek kontra terorisme di Indonesia. Dengan demikian bisa meminimalisir kekawatiran adanya pelanggaran HAM , Â pelanggaran anggaran dan lainnya.
Jangan lupa dalam penanganan teroris harus juga mengedepankan upaya pencegahan, hal ini dapat dilakukan dengan melibatkan seluruh komponen bangsa seperti tokoh agama, tokoh masyarakat, badan Intelijen, TNI dan lainnya. Sehingga diharapkan penanganan teroris ini dapat diselesaikan sampai keakar-akarnya. Ingat bahwa saat ini terorisme tidak lagi sebagai ancaman suatu wilayah saja tapi telah menjadi ancaman bagi negara dan dunia secara global.
