Di pesantren salafiyah hubungan emosional kyai dengan santri sangat dekat. Karena di pesantren salafiyah, kyailah yang langsung terjun untuk menangani para santri di pondok, baik dalam hal pendidikan maupun kegiatan sehari-hari santri di pesantren tersebut.
2. Pondok Pesantren Khalafi (Modern)
Pesantren Khalafiyah atau biasa dikenal dengan pesantren modern ini merupakan hasil perkembangan dari pesantren salafiyah, yang dimana pendidikan di pesantren modern ini selain mengajarkan ilmu agama juga diajarkan ilmu pengetahuan umum, dengan tujuan mencetak generasi yang memiliki keterampilan sesuai dengan perkembangan zaman yang ada saat ini. Di pesantren modern, santri tidak hanya diajarkan kitab-kitab klasik saja, melainkan juga buku-buku tentang ilmu pengetahuan umum.
Hal yang menjadi perbedaan antara pesantren modern ini dengan pesantren salafiyah, yaitu di pesantren modern kebanyakan diwajibkan menggunakan bahasa asing untuk komunikasi sehari-hari, yakni bahasa arab dan inggris. Biasanya, santri putra di pesantren modern diperbolehkan mengenakan celana, tidak hanya sarung saja, hal tersebut bertujuan agar santri putra bebas untuk melakukan aktivitas.
Kurikulum di pesantren modern ditetapkan dengan memperhatikan dan mempertimbangkan perkembangan yang ada, baik perkembangan teknologi, maupun kebutuhan manusia saat ini yang lainnya. Selain diajarkan ilmu agama, santri di pondok pesantren modern juga dibekali ilmu pengetahuan umum dan keterampilan-keterampilan lain guna untuk persiapan dalam menjalani kehidupan di tengah masyarakat kelak.
Meski pun berbeda, tapi pada dasarnya pesantren salaf dan pesantren modern sejatinya adalah sama. Pesantren modern merupakan perkembangan dari sistem pendidikan pesantren salaf. Namun keduanya tetap memiliki tujuan yang sama, yaitu mendidik santri sebagai insan  yang bertaqwa kepada Allah dan memiliki pemahaman dalam ilmu agama serta terampil di tengah kehidupan masyarakat kelak.
