Karena  begitu mengakarnya doktrin Orde Baru  dan kekuatan Golkar di tengah masyarakat,  pada pemilu ulang tahun 1999, Golkar masih kuat dan menempati urutan peringkat ke dua di bawah PDI Perjuangan. Namun pada pemilu 2004, Golkar kembali unggul menjadi pemenang pemilu legislatif dengan 24.480.757 suara atau 21,58% suara sah.
Pada pemilu legislatif 2009 dan 2014, suara Partai Golkar tetap menempati urutan ke dua.
Â
Golkar Pecah 2 Kubu
Paska Pilpres 2015, dengan habisnya masa kepengurusan DPP Partai Golkar membuat Golkar terpecah menjadi 2 kubu kepemimpinan. Satu kubu kepengurusan dari Munas Bali dipimpin oleh Aburizal Bakri  dan satu kubu lagi hasil Munas Ancol dipimpin Agung Laksono.  Kedua kubu mengklaim sebagai kepengurusan yang sah dan harus diakui oleh pemerintah dan Menkum HAM harus menerbitkan SK sebagai legalitasnya.
Pada 3 Maret 2015, Mahkamah Partai Golkar mengeluarkan putusan keputusan MPG nomor 01/P1-GOLKAR/III/2015 nomor 02/P1-GOLKAR/III/2015 dan nomor 03/P1-GOLKAR/III/2015, terkait dualisme kepengurusan partai tersebut.
Dua hakim yaitu Djasri Marin dan Andi Mattalatta memutuskan mengesahkan kepengurusan Golkar pimpinan Agung Laksono. Dasar pertimbangannya adalah Munas Bali yang diselenggarakan kubu Aburizal dirasa tidak transparan, tidak demokratis, dan tidak aspiratif. Sementara kubu Munas Jakarta dipandang berlangsung demokratis dan terbuka.
Sedangkan dua hakim lain yakni Muladi dan HAS Natabaya hanya memberikan putusan rekomendasi terkait proses kasasi yang ditempuh kubu Aburizal Bakrie di Mahkamah Agung.
Muladi menyatakan dirinya dan HAS Natabaya memutuskan agar siapapun pemenang dalam proses peradilan itu agar menghindari pengambilalihan seluruh struktur kepengurusan, merehabilitasi anggota yang mengalami pemecatan serta mengapresiasi yang kalah dalam kepengurusan. Sedangkan pihak yang kalah dalam pengadilan diminta berjanji tidak membentuk partai baru.
Namun kepengurusan pimpinan Agung Laksono sudah melaporkan surat pengesahan kepengurusan Munas Ancol yang diputuskan Mahkamah Partai Golkar kepada Kemenkumham.
Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Yasonna H Laoly kemudian mengakui kepengurusan partai Golkar di bawah kepemimpinan Agung Laksono setelah mendapat keputusan yang diajukan tentang Mahkamah Partai. Menurut Yasonna, putusan tersebut sudah berdasarkan aturan yang berlaku yaitu Undang-undang Partai Politik pasal 32 ayat 5 UU No 2 tahun 2011 sebagaimana perubahan UU No 2 tahun 2008 tentang Parpol.  Menkum HAm menghormati proses gugatan  Aburizal ke pengadilan tetap berlangsung secara adil dan fair.
