Di sisi lain, tidak sedikit juga masyarakat yang khawatir jika pembelajaran tatap muka ini akan menimbulkan klaster baru dalam penyebaran Covid-19 di kalangan pelajar. Hal ini tentunya memunculkan adanya pro dan kontra dalam pelaksanaan hybrid learning.
Pro dan kontra datang dari pihak orang tua siswa yang masih belum berkenan putra-putrinya melaksanakan sekolah tatap muka di tengah kondisi pandemi.Â
Para orang tua mengkhawatirkan keamanan dan keselamatan putra-putri mereka dari penyebaran virus di masa pandemi. Namun begitu, Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Mendikbudristek) Nadiem Anwar Makarim menjelaskan bahwa orang tua siswa yang khawatir anaknya terpapar Covid-19 di masa pandemi ini boleh melarang anaknya untuk masuk sekolah.
Penerapan hybrid learning di Indonesia mengacu pada SKB 4 Menteri tentang Panduan Penyelenggaraan di Masa Pandemi Covid-19. Meskipun mengacu pada aturan yang berlaku, pelaksanaan pembelajaran tetap memperhatikan kondisi terkini di masing-masing daerah. Sehingga sistem penyelenggaraan pembelajaran berbeda antar satu sekolah dengan yang lain disesuaikan dengan kebijakan internal tiap-tiap sekolah.
Ketika model hybrid learning ini mulai diterapkan, beberapa permasalahan baru pun muncul. Permasalahan ini dialami baik oleh guru maupun siswa.Â
Seperti yang disampaikan oleh guru Bahasa Inggris MA swasta di Demak, Mar’atul Jannah, M.Pd, bahwa terdapat beberapa kendala dalam hybrid learning  sama halnya dengan pembelajaran daring.Â
Sistem yang diterapkan di sekolah beliau mengajar yakni sistem ganjil-genap di mana saat jadwal presensi genap masuk, presensi yang ganjil mengikuti melalui HP/WhatsApp.Â
Kendala yang dihadapi ialah koneksi internet yang buruk karena lokasi tempat tinggal siswa berada di pedesaan.Â
Di samping itu, kendala lain yaitu hanya sebagian siswa yang memiliki HP sebab mayoritas siswa adalah anak desa yang masih terbatas dari segi teknologi. Namun setidaknya hybrid learning ini lebih menguntungkan daripada pembelajaran daring di mana guru sulit mengontrol siswa.
Selain siswa, guru juga memiliki beban dan tantangan yang lebih dalam penerapan hybrid learning.Â
Saat pembelajaran, guru harus mengajar dan menerangkan kepada siswa yang hadir secara langsung (tatap muka) sekaligus siswa yang mengikuti melalui daring (WhatsApp, Zoom, atau Google Meet).Â