Pada transplantasi autologous, sel punca dari pasien akan diambil sebelum melakukan terapi dengan radiasi tinggi atau sering disebut kemoterapi. Kemudian, sel punca tersebut akan dibekukan dan disimpan. Setelah pasien melakukan kemoterapi, sel punca tersebut akan dilelehkan dan kemudian dikembalikan ke tubuh pasien. Hal seperti ini sering disebut dengan transplantasi "penyelamatan".
Pada sebagian kasus transplantasi alogenik, apabila pasien tidak memiliki kecocokan dengan keluarga, maka donor yang cocok akan ditemukan melalui pusat registrasi sumsum tulang internasional. Selain itu, darah dari tali pusar bayi telah digunakan sebagai sumber sel punca terutama untuk anak-anak karena jumlah sel puncanya tidak cukup untuk orang dewasa.
Transplantasi singenik merupakan transplantasi alogenik jenis khusus. Karena sel punca berasal dari saudara kembar pasien, maka pendonor dan pasien memiliki jaringan yang sangat persis sama. Jenis transplantasi sel punca ini sangat jarang, karena seperti yang kita ketahui kembar identik bukanlah hal yang sering kita jumpai.
Sebagai informasi tambahan, sel punca dapat dibagi dalam beberapa jenis berdasar potensi atau kemampuan berdiferensiasi, totipotent, pluripotent, multipotent, dan unipotent.
Yang termasuk sel punca dengan kemampuan pluripotent adalah sel pada innercell mass pada stadium Blastocyst, embrionik yang didapat dari innercell mass mempunyai kapasitas untuk berdiferensiasi secara in vitro menjadi semua sel somatik.
Multipotent berarti sel punca yang memiliki kemampuan untuk mengalami diferensiasi menjadi berbagai jenis sel. Contohnya, hemopoetic stem cell yang terdapat pada sumsum tulang mempunyai kemampuan untuk diferensiasi menjadi berbagai jenis sel darah seperti eritrosit (sel darah merah), leukosit (sel darah putih), dan trombosit.
Contoh lainnya, neural stem cell mempunyai kemampuan untuk diferensiasi menjadi sel saraf dan sel gila. Pada jaringan yang sudah dewasa, sel punca yang memiliki kemampuan multipotent terdapat pada jaringan dan organ yang berguna untuk menggantikan sel yang hilang atau terluka.
Unipotent berarti sel punca yang memiliki kemampuan untuk mengalami diferensiasi menjadi satu jenis sel saja. Yang membedakan sel punca unipotent dengan non-sel punca adalah sifat dapat memperbaharui atau meregenerasi diri (self regenerate/self renew).
Pada umumnya, sel punca terbagi menjadi 2 jenis yaitu, sel punca dewasa (adult stem cell) dan sel punca embrionik (embryonic stem cell).
