Jika menempatkan kedua sistem pelayanan yang berbeda di satu trek yang sama, maka akan ada satu pihak yang mengalah. Sebenarnya tidak masalah jika tidak ada yang dirugikan, namun jika itu terjadi sudah pasti menimbulkan kecemburuan sosial.
Hal ini sebenarnya sudah terjadi antara penumpang Commuter Line Bekasi dengan Kereta Api Jarak Jauh (KAJJ).
Ditambah lagi dengan hasil renovasi stasiun Duri yang tidak siap dengan laju pertumbuhan penumpang. Desain stasiun Duri yang baru terbukti tidak bisa mengakomodir penumpang karena tetap sempit dan minim fasilitas.
Sedangkan jalur 1 dan 2 digunakan untuk penumpang KRL Lintas Bogor. Maka penumpang yang ingin transit antara kedua rute tersebut, diharuskan menyeberang melalui ruang utama stasiun di lantai dua.
Kedua, Akses ke Stasiun Masih Sulit
Rupanya pembangunan infrastruktur KA Bandara Soetta ini belum 100% rampung. Dari lima stasiun yang dirancang, baru tiga stasiun yang baru dioperasikan. Yaitu Stasiun Sudirman Baru (BNI City), Batu Ceper, dan Stasiun Soekarno-Hatta.
Sementara stasiun Manggarai masih dalam tahap pembangunan pondasi, dan stasiun Duri bisa dibilang belum siap karena masih dilanda kejadian "horor" akhir-akhir ini.
Sedangkan akses ke stasiun utama, Sudirman Baru (BNI City) masih belum ditunjang dengan konsep Transit Oriented Development (TOD). Jika kita ingin ke sana dengan kendaraan pribadi, maka kita harus siap dengan kemacetan di sepanjang jalan Jendral Sudirman.
Meskipun stasiun ini diapit oleh dua stasiun Commuter Line, yaitu Sudirman dan Karet. Calon pengguna KA Bandara yang hendak menuju stasiun ini dengan Commuter Line tidak difasilitasi dengan akses yang nyaman.