Kebijakan Pendidikan di Ibu Kota Nusantara menggunakan program merdeka belajar plus yang dirancang untuk menjadikan pembelajaran yang terstriktur, padat, dan sederhana, sehingga peserta didik  dapat meningkat pemahamannya dan memperoleh pengalaman pembelajaran yang aktif sehingga bakat dan minat mereka dapat berkembang.
Menurut Dunn, adopsi kebijakan adalah pengambilan keputusan dengan memilih alternatif kebijakan yang selanjutnya ditetapkan menjadi kebijakan untuk diimplementasikan. Adopsi kebijakan merupakan implementasi dari kebijakan yang sudah dibuat sebelumnya, tetapi dari pembaruan itu tidak melunturkan konsep kebijakan yang sebelumnya sudah dilakukan.
Kualitas pendidikan di wilayah Ibu Kota Nusantara ternyata memprihatinkan. Minimnya infrastruktur pendidikan dan kekurangan guru di Balikpapan menjadi penghambat dalam percepatan pendidikan di Ibu Kota Nusantara.Â
Irfan taufik, selaku Kepala Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kota Balikpapan menyebutkan bahwa sejumlah kota di Balikpapan khsuunya tidak mencukup untuk menampung jumlah sisa yang terus bertambah dan kapasitas sekolah menjadi penghambat bagi anak-anak untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi.Â
Di berbagai sekolah, masih mengedepankan guru yang lebih aktif dari pada siswa, dan perhatian paling besar pada aspek akademik, padahal aspek nonakademik dalam dunia pendidikan sama pentingnya dalam pengaplikasian sehari-hari.Â
Selain itu, tidak semua anak mempunyai potensi akademik yang sama, sehingga penting untuk memberikan dukungan kepada mereka yang mempunyai kemampuan di bidang nonakademik, seperti seni dan olahraga.Â
Saat ini pengembangan soft skill dan hard skill sangat penting, karena jika dilihat dari prospek kedepannya, lapangan kerja tidak hanya terbatas pada pekerjaan kantor atau Pengawai Negeri Sipil, tetapi mencakup bidang seperti sepak bola yang dapat memberikan penghasilan yang besar. Peran orang tua juga dinilai kurang aktif dalam mendukung perkembangan anak di sekolah, rata-rata orang tua hanya menerima laporan dengan rapor sebagai acuan saja.
Selain hal tersebut, tantangan yang dihadapi selaras dengan adanya migrasi penduduk dari luar Provinsi Kalimantan Timur yang sangat banyak. Yang berdampak pada penyempitan ruang gerak masyrakat lokal, jika pendidikan yang ada di wilayah Ibu Kota Nusantara hanya menitiberatkan pada bidang akademik, dan cenderung guru yang lebih aktif. Jumlah penduduk di Kota Balikpapan terus mengalami peningkatan sebesar 1,4 persen sejak ditetapkannya Ibu Kota Nusantara di Penajam Paser Utara.Â
Data Konsolidasi Bersih mencatat bahwa pertambahan penduduk khusunya di Kota Balikpapan sebagai penyangga Ibu Kota Nusantara bertambah sebesar 60 ribu penduduk sejak 2021 hingga 2024.