Himbauan pak Gubernur tentang masuk sekolah jam 5 pagi berdampak pada sistem pendidikan pada umumnya  dan pada siswa khususnya. Ada dampak positifnya dan ada dampak negatifnya. Dampak positif dalam hal membagun kebiasaan siswa itu sendiri yaitu adanya kebiasaan bangun pagi, dan disiplin. Selain itu, siswa bisa menyiapkan peralatan sekolah malam hari, dan bisa mengatur jadwal tidur lebih awal secara teratur. Begitupun bagi guru dan tenaga kependidikan.
Kompasianer Isur Suryati dalam artikelnya berjudul Dampak Positif dan Negetif Sekolah Lebih Pagi  Dari Perspektif Peserta Didik memaparkan bahwa kehadiran siswa lebih awal ke sekolah juga menunjukka disiplin yang baik dan memberikan keuntungan kepada siswa dengan waktu belajar yang panjang dan lebih mendalam. Isur Suryati mengutip J.E.Elliott, S.W. Miller dan J. D. Stern dalam  jurnal The Effect of Early Morning School on High School Students'Academic Performance and Behavior menunjukkan hasil penelitian bahwa siswa yang masuk sekolah lebih pagi memiliki prestasi akademik yang lebih baik dibandingkan dengan siswa yang masuk sekolah pukul 8 pagi. Selain itu siswa yang masuk lebih pagi menunjukkan prilaku yang lebih baik di sekolah dan lebih fokus pada pelajaran.
Selain dampak positif, penerapan sekolah lebih pagi juga memiliki dampak negatif bagi siswa. Â Kompasiane Isur Suryati juga membeberkan dampak negatifnya seperti mengalami penurunan kesehatan fisik dan mental. Hal ini karena kurangnya waktu untuk tidur di malam hari yang menyebabkan siswa itu kelelahan. Dampak negatif bagi siswa ini juga berlaku untuk guru dan tenaga kependidikan.Â
Penerapan masuk sekolah jam 5 pagi ini berdampak juga pada proses penyelenggaraan pendidikan itu sendiri. Sebagai contoh, ketika pada pagi hari itu listrik padam, tentu berdampak pada mandeknya penyampaian pengetahuan di sekolah, kurangnya keterlibatan orang tua, sebab orang tua mungkin masih tidur pada pagi hari dan kurang memperhatikan waktu keberangkatan sekolah anaknya pada pagi hari.
Penerapan masuk sekolah jam 5 pagi juga mempengaruhi aktivitas masyarakat secara keseluruhan. Pengaruhnya pada ketersediaan layanan jasa ojek dan sopir angkutan kota. Disamping itu juga adalah ketersedian layanan dan jasa para pedagang khususnya yang mengelola kios dan toko. Singkatnya bahwa penerapan masuk sekolah jam 5 pagi berpengaruh pada rutinitas orang-orang yang berkaitan dengan pendidikan. Lantas, apakah penerapan masuk sekolah jam 5 pagi ini efektif untuk kemajuan lembaga pendidikan di NTT Khusunya?
Penerapan  masuk sekolah jam 5 pagi untuk sekolah-sekolah di NTT dalam rangka membangun kedisiplinan dan mutu pendidikan sepertinya belum optimal dan belum pas untuk dilaksanakan. Himbauan Bapak Laiskodat Gubernur NTT ini bila diterapkan pada sekolah-sekolah yang ada di NTT sepertinya jauh panggang dari api.Â
Argumen ini tentunya dengan beberapa alasan seperti kurang tersedianya sarana dan prasarana seperti listrik, sebab pelaksanaan kegiatan belajar mengajar jam 5 pagi juga didukung oleh ketersediaan listrik di sekolah. SMA dan SMK yang ada di NTT, masih ada yang belum ada PLN seperti SMK Negeri I Raba dan SMA Negeri I Macang Pacar, dan SMA Negeri 3 Macang Pacar di Kecamatan Macang Pacar, Kabupaten Manggarai Barat.
Alasan lain adalah jarak antara sekolah dan rumah peserta didik yang kurang memberikan kenyamanan khususnya bagi pelajar perempuan. Penulis melihat hal ini menjadi alasan sebab penulis pernah membaca dan mendengar sebuah kasus pemerkosaan yang terjadi pada pagi hari yang dilakukan seorang tukang ojek kepada seorang mahasiswi di kota Maumere beberapa tahun silam. Saat itu mahasiswi tersebut hendak ke kampus untuk mengikuti kegiatan OSPEK. Pagi-pagi buta ia ke kampus dan na,as menimpaya hari itu, ia diperkosa oleh seorang tukang ojek.
Di Manggarai ada satu kebiasaan dalam menemukan jodoh dan menemukan istri dengan istilah Wendo (mendapatkan istri untuk seorang laki-laki dengan cara menculik). Di tahun 2000 sampai tahun  2008 penulis mengingat sebuah istilah yang viral di kalangan muda saat itu yaitu gegerta. Gegerta dalah sebuah istilah sosial yang berangkat dari fakta dan kenyaan saat itu. Gegerta itu kepanjangannya Gereng Gerak Tana (tunggu situasi subuh, tunggu kalau sudah pagi). Pada subuh hari setelah pulang pesta berkisar jam 04.00 sampai pukul 05.00 pagi saat itu sering terjadi Wendo.Â
Penerapan masuk sekolah jam 5 pagi ini kurang efektif bila berpedomaan pada fenomena dan kejadian seperti yang dipaparkan di atas. Hal kurang efektif lain dari penerapan masuk sekolah jam 5 pagi adalah kurangnya waktu tidur yang dialami oleh peserta didik dan para guru dan tenaga kependidikan. Malam hari biasanya para guru mengerjakan perangkat pembelajaran dan siswa-siswi mengerjakan pekerjaan rumah.
Proses penerapan masuk sekolah jam 5 pagi ini juga efektif bila bertujuan untuk meningkatkan kedisiplinan dan mutu pendidikan di NTT. Menilik fakta bahwa NTT mendapat peringkat buntut terkait mutu pendidikan di Indonesia. Kebijakan masuk sekolah jam 5 pagi ini juga merupakan langkah konkrit dan strategi alternatif dalam memperjuangkan kedisiplinan peserta didik dan mutu pendidikan di NTT. Masuk sekolah jam 5 pagi merupakan salah satu tindakan solutif yang mesti dibuat oleh Pemerintah Provinsi NTT untuk menunjang terselenggaranya pendidikan yang bermutu di tingkat SMA dan SMK.