Sebagai destinasi super prioritas, Danau Toba  juga menyimpan beragam destinasi wisata sejarah yang dikenal sebagai Heritage of Toba yang menarik untuk dieksplorasi.
Sebagai Heritage of Toba ternyata ada 6 museum dengan ratusan koleksi yaitu :
Rumah Tradisional Suku Batak Toba di Museum Huta Bolon.Museum ini menyimpan banyak barang bersejarah peninggalan Suku Batak Toba. Ada kain ulos berbagai motif, alat masak dan senjata dari zaman dulu.
Ada juga Museum Tomok yang bentuk bangunannya menggunakan arsitektur rumah adat tradisional yang disebut sebagai Rumah Bolon atau rumah Adat Batak Toba khusus untuk raja dan anggota keluarganya.
Yang paling seru adalah museum untuk mengenang pahlawan asal Batak Museum Jamin Ginting, Bangunan museum ini berbentuk seperti kacang.Â
Bukan tanpa alasan, desain menyerupai kacang memiliki makna filosofis yakni sesuatu yang akan melindungi isinya. Museum ini diharapkan juga bisa melindungi dan menjaga peninggalan dari sang pahlawan nasional.Â
Ada berbagai macam barang peninggalan Letnan Jenderal Jamin Ginting. Ada foto, buku-buku, pakaian dinas, hingga berbagai penghargaan.
Ada juga Museum Lingga atau dikenal juga sebagai Museum Karo Lingga  menyimpan berbagai macam benda etnik Karo antara lain capah atau piring kayu besar untuk sekeluarga, alat musik tradisional, alat memasak, koleksi foto bersejarah dan masih banyak lagi.
Museum Simalungun adalah untuk melestarikan adat dan budaya Suku Simalungun. Koleksi utama dari museum ini antara lain koleksi etnografi berupa peralatan rumah tangga, koleksi keramikologis berupa porselen, dan naskah kuno lainnya.
Museum TB Silalahi adalah  Museum ini dibagi menjadi dua bangunan. Satu bangunan khusus untuk Museum Batak yang memamerkan koleksi barang antik dan sejarah Batak. Satu bangunan lagi menjadi tempat untuk mengenang Letjen (Purn) DR TB Silalahi.
