Pendekatan MAP dilakukan melalui konsultasi bilateral antar pejabat berwenang (competent authority) yakni pejabat di Indonesia dan pejabat di Mitra P3B (pejabat di negara atau yurisdiksi yang terikat dengan Pemerintah Indonesia dalam P3B). Permintaan pelaksanaan MAP dapat diajukan oleh Wajib Pajak dalam Negeri, WNI melalui Direktur Jendral Pajak, Direktur Jendral Pajak dan Otoritas Pajak Mitra P3B melalui Pejabat Berwenang Mitra P3B.
Pengajuan MAP oleh Wajib Pajak Indonesia disampaikan kepada Direktur Jenderal Pajak melalui Kantor Pelayanan Pajak Daerah tempat Wajib Pajak Indonesia diadministrasikan. MAP yang diminta oleh Warga Negara Indonesia (untuk masalah non-diskriminasi) atau Pejabat yang Berwenang dari Mitra P3B disampaikan kepada Direktur Jenderal Pajak melalui Direktur Perpajakan Internasional.
Permintaan MAP harus diajukan dalam batas waktu yang ditetapkan dalam Tax Treaty. Namun, jika Tax Treaty tidak mengatur jangka waktu, permintaan MAP diajukan dalam waktu tiga tahun, dimulai dari tanggal Surat Ketetapan Pajak, atau tanggal pembayaran atau bukti pemotongan pajak, atau tanggal pengenaan pajak tidak sesuai dengan ketentuan P3B.
MAP merupakan alternatif bagi Wajib Pajak untuk menyelesaikan sengketa yang menimbulkan pemajakan berganda, atau apabila terdapat indikasi bahwa tindakan otoritas Negara Mitra menyebabkan pengenaan pajak yang tidak sesuai dengan P3B. Wajib Pajak dapat mengajukan permohonan asistensi kepada Direktur Jenderal Pajak sebagai Competent Authority (CA) atas sengketa yang timbul dari pemajakan berganda dengan Negara Mitra P3B antara lain berasal dari penyesuaian akibat koreksi transfer pricing yang tidak sesuai dengan peraturan dalam P3B (Suparman, 2016).
Surat Edaran Dirjen Pajak, SE - 52/PJ/2021
Tujuan dari SE-52/PJ/2021 adalah untuk  memberikan keseragaman pemahaman dan penerapan ketentuan dalam P3B Indonesia sehingga penerapan ketentuan P3B dapat berjalan sesuai dengan maksud dan tujuan dibentuknya P3B, diharapkan dapat menjadi pedoman kantor pelayanan pajak (KPP) dalam menginterprestasikan pasal-pasal yang ada dalam persetujuan penghindaran pajak berganda.
P3B Indonesia yang berlaku efektif pada umumnya mengacu kepada dua model P3B utama, yaitu Model Organization for Economic Co-Operation and Development (OECD Model Tax Convention) dan Model United Nations (UN Model Double Convention between Developed and Developing Countries).
Namun demikian, Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Negara Mitra juga dapat bersepakat untuk membentuk pengaturan atau ketentuan yang berbeda dengan pengaturan atau ketentuan dalam kedua model P3B utama tersebut sesuai dengan posisi runding dasar dan kepentingan nasional masing-masing Negara Pihak dalam Persetujuan, artinya penerapan ketentuan P3B Indonesia harus mempertimbangkan negara mitra tempat subjek pajak dalam negri berdomisili dan sumber penghasilan.
Dengan demikian, petunjuk umum yang terdapat dalam Surat Edaran Direktur Jenderal ini hanya dapat diterapkan untuk P3B Indonesia yang pengaturan atau ketentuannya secara substansi sama dengan pengaturan atau ketentuan yang dijadikan rujukan dalam Surat Edaran Direktur Jenderal ini.Untuk pengaturan atau ketentuan P3B Indonesia yang secara substansi berbeda, penerapannya dilakukan sesuai dengan maksud dan tujuan pengaturan atau ketentuan P3B Indonesia yang berbeda tersebut.
Dalam SE-52/PJ/2021  bahwa  definisi  Perjanjian  Penghindaran  Pajak  Berganda adalah  perjanjian  bilateral,  dalam  bentuk  dan  nama  tertentu,  yang  diatur  dalam  hukum internasional,  yang  disepakati antara  dua  negara  atau yuridiksi  untuk  mencegah terjadinya pengenaan pajak berganda dan pengelakan pajak
"Diskursus Kritik Mutual Agreement  Procedure  Tax Treaty  Sesuai SE - 52/PJ/2021"
