Akan tetapi kemudian pada rezim orde baru, di bawah pemerintahan Soeharto, TNI AD dengan pasukan elitnya RPKAD, yang saat ini bernama Kopassus, mengambil alih posisi sebagai Matra yang paling terkemuka. Hal itu karena kiprahnya dalam peristiwa G30S/PKI.
Selain hal itu, bisa jadi pemicu terjadinya perseteruan TNI dengan Polri pun disebabkan oleh faktor kecemburuan kesejahteraan yang dianggap timpang. Kesejahteraan anggota Polri dianggap lebih besar dari anggota TNI. Sehingga hal ini patut menjadi perhatian.
Sementara yang terakhir, tapi jangan diabaikan urgensinya, adalah  TAP MPR RI nomor 7 tahun 2000 tentang Peran TNI dan Polri sebagai aparat pertahanan dan keamanan.
Dalam ketetapan MPR itu termaktub aturan tersebut memerintahkan TNI agar tunduk pada peradilan umum, tapi dalam kenyataannya pemerintah dipandang abai lantaran  belum ada aturan konkret sehingga TNI tidak tunduk pada aturan peradilan umum.Â
Bahkan sebaliknya, sebagaimana dikutip dari kompas.com, sekarang publik justru dihebohkan dengan telegram Panglima TNIÂ mengenai prosedur pemanggilan prajurit TNI oleh aparat penegak hukum yang mengharuskan melalui izin komandannya.Â
Publik menyoroti aturan ini karena dianggap memberikan keistimewaan bagi prajurit TNI.
Sebab, aturan ini membuat Polri, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK), dan aparat penegak hukum lainnya kini tak bisa dengan bebas memanggil prajurit TNI guna melakukan pemeriksaan terhadap suatu perkara.
Barangkali poin-poin di atas bisa dijadikan sebagai bahan pertimbangan oleh Panglima TNI, Kapolri, dan pemerintah untuk menciptakan sinergi antara TNI dan Polri sehingga tidak ada lagi sebutan Tom dan Jerry, dan bukan cuma berupa jargon kekompakan TNI dan Polri, sebagaimana yang sering terlihat di mana-mana. Dari spanduk di tepi jalan hingga baliho mal.
Melainkan dari tingkat Jenderal sampai tamtama, antara TNI dan Polri dapat bergandengan tangan, dan sungguh-sungguh menciptakan harmoni keamanan, ketertiban, dan kenyamanan bagi seluruh bangsa Indonesia ini. ***
