Setelah beberapa ekspedisi Spanyol, pemukiman permanen pertama didirikan di Cebu pada tahun 1565. Setelah mengalahkan penguasa Muslim setempat, Spanyol mendirikan ibu kota mereka di Manila pada tahun 1571, dan membuat koloni baru disana. Dengan melakukan itu, Spanyol berusaha untuk memperoleh bagian dalam perdagangan rempah-rempah yang menguntungkan, mengembangkan kontak yang lebih baik dengan Cina dan Jepang, dan mengajak untuk memeluk agama Kristen. Namun hanya tujuan ketiga yang akhirnya terwujud. Seperti koloni Spanyol lainnya, gereja dan negara menjadi hal yang tak terpisahkan dalam melaksanakan tujuan Spanyol. Sejumlah pemuka agama Katolik Roma diberi tanggung jawab untuk mengkristenkan penduduk setempat. Administrasi sipil dibangun di atas organisasi desa tradisional dan menggunakan pemimpin lokal tradisional untuk memerintah secara tidak langsung untuk Spanyol. Melalui upaya ini, komunitas budaya baru dikembangkan, tetapi Muslim (dikenal sebagai Moro oleh Spanyol) dan masyarakat suku dataran tinggi tetap terpisah dan terasing.
3. Invasi Spanyol
Pada tahun 1570, Miguel Lopez de Legazpi, mencari tempat yang cocok untuk mendirikan ibu kotanya setelah dipaksa untuk pindah dari Cebu ke Panay oleh bajak laut Portugis dan mendengar adanya Kerajaan yang makmur di Luzon, ia mengirim ekspedisi di bawah Martin de Goiti dan Juan de Salcedo untuk mengeksplorasi lokasi dan potensinya. Legazpi, kemudian mengarahkan pandangannya untuk menjajah wilayah Luzon pada tahun 1571.
Invansi pun dilakukan, dengan mengerahkan kekuatan yang cukup besar, dibawah komando Legazpi mereka menginvasi pemukiman Muslim di Manila yang saat itu dipimipin Rajah Sulaiman pada tahun 1571. Kemudian menginvasi Brunei untuk menghancurkan wilayah pengaruhnya di bagian utara Filipina, dan juga untuk mengisolasi kesultanan Sulu di selatan. Sebelum permusuhan dimulai, jenderal Spanyol Francisco de Sande mengirim surat terlebih dahulu kepada sultan Brunei. Poin utama dari surat itu adalah bahwa kesultanan Brunei harus menghentikan pengiriman misionaris Muslim ke tempat mana pun di Filipina. Surat ini bisa menjadi bukti nyata yang mengungkap inti dari kolonialisme Spanyol -- Kristenisasi dan penaklukan kekaisaran di seluruh Asia Tenggara.
Kemenangan Spanyol di Luzon menandai invasi yang lebih luas. Pada tahun 1578, Spanyol menjelajahi Kepulauan Sulu dan mengancam akan menyerang Sulu. Namun ancaman itu tidak terjadi, mereka tidak tinggal lama bahkan memutuskan mundur setelah negosiasi kompromi dicapai dengan para pemimpin Sulu.
Dari sini, orang-orang Spanyol melanjutkan penjajahan ke Maguindanao, namun upaya itu tidak berhasil karena gagal menjalin kontak dengan para pemimpin Muslim. Tahun berikutnya orang-orang Spanyol di bawah Kapten Gabriel de Rivera melakukan misi militer lain ke daerah Cotabato.
Niat utama mereka adalah untuk membuat kaum Muslim membayar upeti, membujuk mereka untuk tidak mengizinkan misionaris asing, menginformasikan Maguindanao tentang kemenangan Spanyol di Brunei, mengumpulkan informasi tentang Muslim dan kekuatan mereka dan untuk mengetahui hubungan antara Maguindanao dan Ternatan dan orang lain di Indonesia.
Spanyol menargetkan Mindanao dan Sulu untuk ditaklukkan, karena dua wilayah itu merupakan wilayah sentral Muslim. Setelah sebelas tahun, pada tahun 1591 orang-orang Spanyol melakukan ekspedisi militer mereka ke Maguindanao, pusat kekuasaan Muslim di Mindanao. Mereka berasumsi bahwa begitu Mindanao digulingkan, akan lebih mudah untuk memperluas pengaruh mereka ke Sulu dan Brunei. Namun hal itu bukanlah hal yang mudah, Orang-orang Spanyol harus menghadapi perlawanan Muslim bersenjata yang sengit. Bahkan butuh waktu lima tahun bagi mereka untuk akhirnya mendirikan garnisun militer di wilayah Tampakan pada tahun 1596. Akan tetapi hanya bertahan dalam jangka waktu yang singkat karena Maguindanao terus melakukan perlawanan bersenjata dengan melakukan serangkaian serangan terhadap benteng Spanyol di Tampakan. Melihat kaum Muslim memiliki kekuatan politik untuk menentang, orang-orang Spanyol meninggalkan Tampakan pada tahun 1597 dan memposisikan diri di La Caldera di semenanjung Zamboanga.
4. Perlawanan Muslim
Kaum Muslim mengubah strategi militer mereka dari defensif menjadi ofensif. Mereka sekarang membawa perang ke wilayah musuh. Pada tahun 1599, Datu Salikula dan Datu Sirungan pemimpin Maguindanao dan Buayan masing-masing meluncurkan pasukan gabungan untuk menyerang pangkalan utama Spanyol di Visayas tengah dengan memobilisasi sekitar 3.000 prajurit. Pada tahun 1602, serangan lain dilakukan oleh kaum Muslim dan sejauh ini serangan terbesar yang pernah dilakukan. Kaum Muslim mengumpulkan 50 kapal yang diawaki oleh Ternatan, Sangil dan Tagolanda, kapal oleh Maguindanao dan 35 kapal diawaki oleh Yakan dari Basilan. Pasukan ini dikomandani oleh Datu Buisan, penerus Datu Salikula, dan Datu Sirungan. Karena Spanyol terlalu lemah untuk menyerang Maguindanao, mereka malah menyerang kesultanan Sulu. Mereka mengira Sulu mudah dikalahkan. Mereka mengepung Jolo selama tiga bulan tetapi pasukan kesultanan mampu memukul mundur mereka.
Berita tentang kekalahan Spanyol sampai di Maguindanao pada 29 Oktober 1603, Rajah Buisan bersama sekutunya dari Sangil dan Ternate kemudian memimpin invasi lain ke Visayas Tengah. Mereka menyerbu Dulag, Leyte tempat Rajah Buisan menyampaikan pidato bersejarahnya menyerukan Leyte Datus untuk melawan Spanyol. Sadar akan implikasi politik dari pidato Buisan serta gelombang serangan Muslim terus-menerus di Visayas, orang-orang Spanyol menawarkan perdamaian dan menjalin hubungan yang baik. Mereka mengirim utusan khusus untuk negosiasi damai tersebut.
