 a. Perubahan Prioritas Pemerintah
Salah satu tantangan terbesar bagi IKN adalah kemungkinan terjadinya perubahan prioritas kebijakan pemerintahan selanjutnya. Presiden baru bisa saja memiliki visi yang berbeda mengenai pemindahan ibu kota atau memilih untuk fokus pada isu-isu lain yang dianggap lebih mendesak. Jika pemerintahan selanjutnya tidak memiliki komitmen yang sama terhadap proyek ini, pembangunan IKN bisa terhambat atau bahkan ditunda.
Meskipun pemindahan ibu kota sudah memiliki dasar hukum yang kuat, yaitu Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2022 tentang Ibu Kota Negara, eksekusi di lapangan tetap bergantung pada dukungan politik dan anggaran dari pemerintah. Dengan demikian, kelangsungan IKN sangat terkait dengan kemauan politik pemerintahan mendatang.
 b. Pendanaan dan Anggaran
Pembangunan IKN memerlukan dana yang sangat besar. Menurut estimasi awal, proyek ini membutuhkan total anggaran sekitar Rp 466 triliun. Sebagian besar dana ini diharapkan berasal dari investasi swasta dan kerjasama dengan pihak asing. Namun, jika pemerintah tidak mampu menarik minat investor atau terjadi krisis ekonomi, pendanaan proyek ini bisa menjadi masalah serius.
Selain itu, dengan situasi ekonomi global yang terus berfluktuasi, proyek-proyek besar seperti IKN rentan terhadap perubahan kondisi ekonomi, baik di tingkat nasional maupun internasional. Pasca pandemi COVID-19, banyak negara termasuk Indonesia masih berusaha memulihkan perekonomiannya, dan ada kemungkinan pemerintahan selanjutnya lebih memilih mengalokasikan anggaran untuk program-program pemulihan ekonomi daripada melanjutkan pembangunan IKN.
 c. Dukungan Publik dan Sosial
Meskipun proyek IKN didukung oleh sebagian besar pejabat pemerintah, di kalangan masyarakat masih ada yang mempertanyakan urgensi dan manfaat pemindahan ibu kota. Beberapa kelompok menilai bahwa pemindahan ibu kota tidak akan serta-merta menyelesaikan masalah yang dihadapi Jakarta, seperti banjir dan kemacetan, dan justru berisiko menambah beban anggaran negara.
Selain itu, ada juga kekhawatiran terkait dampak sosial dan lingkungan dari pembangunan IKN di Kalimantan Timur. Aktivitas pembangunan yang masif dikhawatirkan dapat merusak ekosistem hutan dan habitat satwa liar di daerah tersebut. Jika pemerintahan selanjutnya tidak mampu menangani isu-isu ini dengan baik, proyek IKN bisa mendapatkan lebih banyak resistensi dari masyarakat dan kelompok lingkungan.
 4. Upaya untuk Menjaga Kelanjutan Proyek IKN
Untuk memastikan proyek IKN dapat berjalan dengan baik meskipun terjadi pergantian pemerintahan, ada beberapa langkah yang bisa diambil oleh pemerintah saat ini dan di masa mendatang:
