Pengalamannya memimpin PB PMII, wakil ketua DPR RI, dan sebagai Sekjen DPP PKB di awal perjalanan PKB, serta dorongan Ulama sepuh NU dan PKB, Cak Imin akhirnya menyatakan kesiapannya untuk maju sebagai salah satu kandidat Ketua Umum pada Muktamar PKB di Semarang tahun 2005.
Muktamar Pertama PKB di Semarang, terlihat pertarungan dua “Putra Mahkota”, antara Cak Imin dengan Cak Ipul, keduanya kerabat dekat Gus Dur. Cak Imin memiliki pengalaman sebagai Mantan Ketua Umum PB PMII, Wakil Ketua DPR RI, dan Sekjen DPP PKB awal berdirinya PKB, sementara Cak Ipul saat itu sebagai Sekjen DPP PKB, Ketua Umum Pimpinan Pusat GP Ansor, dan Mentri PDT di Kabinet SBY Periode pertama.
Namun Cak imin tampil di Muktamar Pertama PKB, dengan perspektif politik kekinian yang spiritnya beririsan dengan gagasan besar Gus Dur, sehingga menghipnotis peserta Muktamar, walhasil kekuatan Cak Imin, sulit terbendung, dan akhirnya Muktamar PKB di Semarang Jawa Tengah di menangkan Oleh Cak Imin.
Terpilihnya Cak Imin sebagai Ketua Umum DPP PKB pada Periode 2005/2010, menjadi momentum kemenangan politisi muda NU di era 90 an, yang memiliki kaitan sejarah atas tumbangnya rezim orde baru, kondisi ini menjadi salah satu sisi kelemahan Cak Imin, karena dinilai memotong sekian generasi politisi yang ada di kalangan Nahdlyin.
Pada perspektif lain, Gus Dur sebagai ketua Dewan Syuro PKB sekaligus simbol dan “epicentrum” Politik PKB, yang di kalangan Nahdlyini Gus Dur tidak hanya dipandang sebagai ketua dewan syuro, tapi sebagai syehk (guru), bahkan di posisikan sebagai orang tua bagi Jam`iyah Nahdliyin, sisi lain masi kuatnya keinginan pihak luar untuk melemahkan PKB dari dalam, kondisi ini membuat dinamika internal PKB sangat dinamis.
Beberapa kalangan menilai, Gus Dur sangat memahami situasi internal PKB, bahwa ada upaya “pihak luar” yang mencoba melemahkan PKB, sehingga berbagai skenario politik Gus Dur, sulit dibaca oleh orang lain, sebagai upaya penyelamatan PKB.
Salah satu “tafsir” yang mengemuka di kalangan Jam`iyah Nahdlyin atas kisruh internal PKB saat pertengahan kepemimpinan Cak Imin sebagai Ketua Umum DPP PKB, bahwa kisruh tersebut merupakan skenario Gus Dur untuk menyelamatkan PKB, Wallahu A`lam bissawaf.
Perjalanan Politik Cak Imin pada fase ini, begitu heroik dan melelahkan, namun berkat optimisme dan keyakinan yang kuat, Cak Imin akhirnya mampu mengibarkan bendera PKB di pemilu 2009. Hasilnya terlihat tidak begitu menggembirakan, jika di bandingkan pemilu sebelumnya, tapi cukup membanggakan, dengan hasil 28 Kursi DPR RI dengan perolehan suara 5.146.302 atau 4.95%, jika melihat masalah yang dihadapi saat menjelang pemilu.
Sukses melewati Pileg 2009, PKB menjadi salah satu Partai pengusung pasangan SBY Budiono, sehingga Cak Imin diberi mandat oleh SBY sebagai Menteri Tenaga Kerja dan Trasmigrasi. Terpilihnya Cak Imin sebagai mentri pada kabinet SBY periode kedua, memberi spirit tersendiri baginya untuk bangkit, membenahi imfrastruktur partai, dan mengkonsolidasi basis PKB.
Hasilnya PKB pada Pemilu 2014, menjadi salah satu partai yang masuk 5 besar, dengan perolehan suara 11.298.957 (9.04) dan 47 kursi DPR RI. Kesuksesan Cak Imin mengantar PKB menjadi salah satu partai di papan atas, diapresiasi oleh banyak kalangan, khususnya kalangan Jam`iyah Nahdiyyin.
Menjelang Pilpres 2014, Cak Imin kembali menunjukkan kelasnya sebagai politisi yg mempuni, Cak Imin sukses menjadi salah satu inisiator pasangan Jokowi Jusuf Kalla pada Pilpres 2014, bahkan memposisikan PKB dan NU menjadi salah satu faktor penentu kemenangan Jokowi JK, karena itu PKB diapresisasi oleh Jokowi, dengan memberikan kepercayaan 4 Kader PKB duduk di jajaran kabinet.
