Tentu saja kematian sang bayi Pangeran bisa disebabkan penyakit menular umum yang sudah disebutkan diatas, hanya saja disini kita meninjau kemungkinan lainnya.
Nyi Ong Tien semestinya masih sangat muda diusia sekitar 20 tahunan sewaktu berlayar jauh, dipersunting Sunan dan melahirkan bayinya. Dia mesti dalam keadaan fisik dan kesehatan yang baik. Hanya saja bila kita bisa tahu bagaimana bentuk badannya, sebagai keturunan Tionghoa pada waktu itu kebanyakan adalah kecil mungil sebagai standar kecantikan. Untuk melahirkan anak bayi besar dari ayah yang bertubuh besar dan tinggi seperti Sunan yang keturunan Persia-Arab, tidak heran bila akan mengalami kesukaran melahirkannya.
Dari kesukaran melahirkan tersebut tidak jarang mengakibatkan komplikasi terhadap bayinya, seperti perdarahan dalam rongga otak maupun kerusakan otak karena hipoksia, yang bisa menyebabkan kematian bayi beberapa bulan setelah lahir.
Kemungkinan komplikasi kesukaran Ong Tien bersalin sangat besar. Ini yang bisa menjelaskan mengapa bayi tersebut tidak diberi penyusuan ibu dan pemeliharaan oleh Ong Tien sendiri setelah kelahirannya, malah dipasrahkan perawatannya kepada istri Ki Gendeng Kuningan hingga kematiannya bayi sewaktu umur 4 bulan.
Walaupun Nyi Ong Tien seorang wanita Tionghoa yang pada umumnya berpayudara kecil, tetapi masih cukup banyak susu ibu yang bisa disalurkan untuk memenuhi kebutuhan menyusui bayinya, itu alamiah. Kecuali karena Ong Tien yang baru mengalami perdarahan banyak karena kesukaran melahirkan sehingga badannya lemah dan kesakitan yang tidak memungkinkan merawat bayinya sendiri.
Apakah dari sebab penitipan bayi itu menjadikan konspirasi sehingga terjadi kematian sang bayi, dengan kenyataan kedudukan Pangeran Kuningan itu achirnya bisa jatuh pada anak Ki Gendeng Kuningan sendiri. Ini tidak mungkin bisa disidik lagi.
Sampai hari ini, kematian bayi dibawah usia satu tahun, masih kebanyakan disebabkan oleh kejadian mendadak yang menakutkan yang disebut: SIDS, yaitu Sudden Infant Death Syndrome atau Sindrom Kematian Bayi Mendadak. Kejelasannya bisa dibaca sendiri dari Google / Wikipedia, disini sekedar kesingkatannya.
Sekitar 2,500 bayi yang lucu dan sehat, tanpa gejala sakit maupun luka-luka apapun, bisa mendadak mati setiap tahunnya di Amerika Serikat yang fasilitas kesehatannya paling jitu didunia.
Sampai sekarang masih belum jelas apa pelakunya. Hanya jelas pada umumnya memakan korban bayi laki-laki yang kelihatannya sehat sebelum berumur satu, paling sering dari usia 1 sampai 4 bulan. Lebih-lebih bila bayi tersebut terlahir belum waktunya atau rendah bobot bandan kelahirannya.
Mati sewaktu bayi sedang tidur nyenyak, yang sering bila bertidur kesisi samping maupun tengkurup atau tidur bersama orang tuanya, karena bisa menyumbat pernafasan bila muka menghadap permukaan yang lunak, kecuali tidur terlentang dengan muka memandang keatas. Diduga ini mungkin dikarenakan ada kelainan pusat control pernafasan dan pengguga bangun sibayi.
Dalam penyelidikan terachir, statistisnya lebih menyondong pada bayi yang terlahir dalam keluarga yang merokok. Tembakau asal dari Benua Amerika Selatan yang belum masuk Jawa sebelum kedatangan orang Eropah, tetapi mengingat bahwa dalam kehidupan dilingkungan kraton di Jawa, bayi itu senantiasa juga diselimuti asap kemenyan siang dan malamnya.