Bagi para peneliti penerima dana/hibah penelitian baik dari pemerintah dan/atau dana internal institusi/lembaga masing-masing, tentu tidak asing dengan istilah Satuan Biaya Keluaran (SBK) dan Satuan Biaya Masukan (SBM). Keduanya merupakan tindak lanjut dari PP 90/2010, dan dua paradigma yuridis-formal yang mengatur dan menetapkan besaran biaya (batas tertinggi atau estimasi) untuk menghasilkan keluaran (output) atau sub keluaran (sub output) penelitian.
 Penerapan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) tentang SBK dan SBM dalam bidang penelitian merupakan babak baru dan paradigma baru dari kebijakan penganggaran penelitian. Tujuannya adalah untuk mewujudkan penerapan kebijakan "penganggaran penelitian berbasis kinerja" yang makin berkualitas.
Dalam konteks penelitian, kinerja yang dimaksudkan adalah jenis keluaran (output) atau sub keluaran (sub output) penelitian sesuai dengan skema penelitian (pembinaan/kapasitas, dasar, terapan, pengembangan, kajian actual strategis).
 Keluaran/Sub Keluaran terdiri dari "keluaran WAJIB" berupa laporan akhir penelitian, dan "keluaran TAMBAHAN" sesuai dengan Tingkat Kesiapterapan Teknologi (TKT), berupa publikasi, prototipe R&D, Paten/Hak Cipta, Buku, Naskah Kebijakan, dll. sesuai dengan Permenristekdikti 42/2016.
Dualisme paradigma penelitian terjadi karena PMK-SBM juga mengatur dan menetapkan besaran biaya (batas tertinggi atau estimasi) berupa harga satuan, tarif, dan indeks yang ditetapkan dalam rangka mendukung keberhasilan pelaksanaan sebuah projek/topik penelitian.Â
Besaran biaya masukan penelitian yang diatur di dalam PMK-SBM diantaranya adalah honorarium (penunjang penelitian/perekayasaan, narasumber/moderator), perjadin (biaya tiket/transport, uang harian, biaya penginapan), konsumsi, biaya pengepakan dan angkutan, serta biaya paket data dan komunikasi. Semua jenis dan besaran biaya masukan penelitian tersebut sama sekali tidak diatur di dalam PMK-SBK.
Hal ini kemudian melahirkan perbedaan tafsir atas PMK-SBM dalam bidang penelitian. Tafsir pertama berpandangan, bahwa PMK-SBM TIDAK HANYA menjadi referensi besaran biaya (batas tertinggi atau estimasi) operasional penelitian yang bisa dikeluarkan/dibelanjakan sesuai dengan satuan, tarif, dan indeks barang/jasa yang ditetapkan. PMK-SBM juga dianggap sebagai referensi pertanggungjawaban penggunaan setiap rupiah dana penelitian yang dikeluarkan/dibelanjakan.
 Tafsir kedua berpandangan, bahwa PMK-SBM HANYA sebagai referensi besaran biaya (batas tertinggi atau estimasi) operasional penelitian yang bisa dikeluarkan/dibelanjakan sesuai dengan satuan, tarif, dan indeks barang/jasa yang ditetapkan. Sedangkan pertanggungjawaban akhir tetap mengacu pada PMK-SBK, yaitu berupa laporan penelitian dan/atau naskah akademik sebagai keluaran WAJIB sebuah projek/topik penelitian. Â
Konsekuensi perbedaan tafsir tersebut, berimplikasi pada perbedaan konseptual antara SBK dengan SBM untuk bidang penelitian, baik bagi peneliti maupun lembaga/institusi pemberi dana/biaya. SBK digunakan untuk menilai kelayakan sebuah projek/topik penelitian dilihat dari tiga aspek.
Pertama, besaran biaya/dana yang diusulkan dan bisa disetujui sesuai dengan skema dan bidang fokus penelitian. Kedua, jenis keluaran wajib (output) atau sub keluaran (sub output) sesuai dengan skema penelitian. Ketiga, besaran biaya/dana tambahan untuk keluaran tambahan/tindak lanjut sesuai dengan skema penelitian. Ketentuan tentang SBK untuk penelitian diberlakukan pertama kali pada tahun anggaran 2017 melalui Peraturan Menteri Keuangan PMK 106/PMK.02/2016.
Sedangkan SBM digunakan untuk menilai kelayakan sebuah projek/topik penelitian dilihat dari batas tertinggi atau estimasi besaran biaya/dana yang diusulkan/dikeluarkan/dibelanjakan sesuai dengan satuan, tarif,Â
