Mikroorganisme tertentu dapat menghasilkan senyawa antibakteri dan antifungi yang dapat mengendalikan hama dan penyakit tanaman.
5. Peningkatan kesuburan tanah
   Mikroorganisme membantu memperbaiki struktur tanah, meningkatkan kapasitas menahan air, dan meningkatkan aerasi tanah.
Penerapan Mikroorganisme dalam Pertanian
   Pupuk organik yang kaya akan mikroorganisme dapat meningkatkan kesuburan tanah dan pertumbuhan tanaman.Â
2. Inokulan
   Inokulan adalah produk yang mengandung konsentrasi tinggi mikroorganisme yang bermanfaat bagi tanaman. Inokulan dapat diaplikasikan pada benih, tanah, atau tanaman.
3. Biopestisida
   Biopestisida adalah pestisida yang terbuat dari mikroorganisme patogen terhadap hama tanaman.Â