Nukleus merupakan organela terpenting pada sel karena mengatur seluruh aktivitas sel seperti pembelahan sel, metaboleisme sel, dll. Karena fungsinya yang penting ini, maka nukleus terselubungi oleh membran ganda. Nukleus berbentuk bulat dengan diameter sekitar 5 m dan juga tersusun atas lipid dan protein.
Dalam nukleus, terdapat nukleoplasma (plasma inti), anak inti (nukleolus), dan materi genetik berupa benang-benang kromatin. Nukleoplasma terdiri atas benang-benang kromatin yang membawa materi genetik yaitu DNA, RNA, dan protein. Terdaoat juga pori-pori yang berguna untuk mengatur keluar masuknya makromolekul dari nukleus.
Sitoplasma adalah cairan sel yang terletak di dalam sel , di luar inti sel, dan organel sel. Terdiri atas 80% - 90% air sebagai komponen utama. Fungsi sitoplasma antara lain adalah sebagai tempat organel sel dam sitoskeleton dan tempat terjadinya reaksi metabolisme sel dan sebagai penyimpanan molekul-molekul organik (misal karbohidrat, lemak, protein, dan enzim).
Ribosom
Ribosom berbentuk butiran kecil dengan diameter sekitar 20 -- 22 nm. Jumlah ribosom dalam setiap sel sangat banyak, bahkan bisa mencapai jutaan. Ribosom dibedakan menjadi 2 jenis, yaitu ribosom bebas dan ribosom terikat. Ribosom bebas tersuspensi di dalam sitosol, sedangkan ribosom terikat menempel pada retikulum endoplasma (RE). Fungsi ribososm sendiri adalah tempat terjadinya sintesis protein.
Retikulum endoplasma merupakan membran berbantuk labirin yang berhubungan dengan selubung/membran inti sel. RE tersusun atas jaring-jaring tubula dan gelembung membran sisterna. Terdiri juga atas dua lapis membran yang melingkupi ruang sempit. RE dibedakan menjadi 2 bedasarkan fungsinya, yaitu retikulum endoplasma halus dan retikulum endoplasma kasar.
Perbedaannya adalah pada RE kasar, permukaanya tertempeli oleh ribosom, sedangkan pada RE halus tidak. Perbedaan lainnya terletak pada fungsinya masing-masing. RE halus berfungsi sintesis lipid, metabolisme karbohidrat, dan menetralisir racun. RE kasar berfungsi untuk sintesis protein dan transpor protein.
Badan golgi terdiri atas tumpukan kantong membran pipih sisterna dan vesikula-vesikula. Berfungsi sebagai pusat produksi, pergudangan, penyortirtan, dan pengiriman produk metabolisme sel. Badan golgi pada tumbuhan disebut diktiosom. Jumlah badan golgi pada sel tumbuhan lebih banya daripada sel hewan.
