Pada tanggal 12 Nopember 1944, Organisasi Pembebasan Nasional Turkistan Timur (ETNLO) mengadakan rapat umum besar-besaran di Ghulja untuk memproklamasikan kemerdekaan Turkistan Timur sebagai ETR. Dua pemimpin terkemuka ETNLO, Alihan Tore, seorang etnis Uzbekistan, terpilih sebagai Presiden, dan Abdulkerim Abbasov, seorang Uyghur, diangkat sebagai Menteri Dalam Negeri. Dengan demikian, ETR secara resmi dideklarasikan.
ETR adalah produk utama dari gerakan kemerdekaan yang dipimpin oleh Uyghur dan orang-orang Turki lainnya yang tinggal di Turkistan Timur, dan bersifat multi-etnis dan Turki, termasuk Kazakh, Uzbek Kirgistan, Tatar dan bahkan Mongol dalam pemerintahan dan angkatan bersenjatanya.
Dengan kemenangan Partai Komunis China atas Kuomintang dan berdirinya Republik Rakyat China (RRC) pada 1 Oktober 1949, ETR mendapat ancaman serius dari RRC.
Tentara Pembebasan Rakyat (PLA) menyerbu ETR pada tanggal 14 Oktober 1949 dan akhirnya menduduki seluruh ETR pada 22 Desember 1949.
Sejak tahun 1949, orang-orang Turkistan Timur telah mengalami diskriminasi etnis, perusakan budaya dan penganiayaan agama dari pemerintah China.
Di bawah pendudukan China, Turkistan Timur telah dibagi menjadi unit-unit administratif berikut yang dibuat oleh China: a) Daerah Otonomi Uyghur atau Daerah Otonomi Uyghur Xinjiang (XUAR) b) Daerah Otonomi Subei Mongol, Daerah Otonomi Aksai Kazakh, Kota Dunhuang (Dukhan) dan Kabupaten Guazhou di Provinsi Gansu, c) Zona Administratif Lenghu dan bagian barat Zona Administratif Magnai di Provinsi Qinghai.
China secara keliru mengklaim Turkistan Timur telah menjadi bagian dari China "sejak zaman kuno". Namun terlepas dari hampir 2.000 tahun kontak, China tidak pernah benar-benar membangun hegemoni atas wilayah tersebut hingga akhir abad ke-19. Berbagai dinasti secara singkat menduduki bagian-bagian wilayah tersebut, membawa bagian-bagiannya ke dalam hubungan anak sungai dan memanipulasi politik lokal, tetapi tidak pernah berhasil diintegrasikan ke dalam kekaisaran China.
Pada tahun 1877, Qing menginvasi Turkistan Timur; pada tahun 1884, mereka secara resmi mencaploknya sebagai "Xinjiang", yang berarti "wilayah baru" dalam bahasa Mandarin dan merupakan istilah ofensif untuk menyebut Turkistan Timur sebagai Xinjiang. Selanjutnya, Qing mulai menjajah daerah tersebut dengan menempatkan penjajah Han dan Hui China (Muslim China) di Turkistan Timur.
Saat ini, Turkistan Timur memiliki populasi 25,88 juta orang. Uyghur (44,96 persen) dan etnis minoritas lainnya merupakan 14,9 juta atau 57,76 persen dari populasi. Han China merupakan 10,9 juta orang atau 42,24 persen.
Setidaknya ada 1 juta orang Turkistan Timur (kebanyakan Uyghur) yang tinggal di komunitas diaspora di seluruh dunia. Komunitas diaspora terbesar berada di Republik Asia Tengah Kazakhstan, Kirgistan dan Uzbekistan. Ada juga komunitas diaspora yang signifikan di Turki, Arab Saudi, Eropa, Amerika Utara dan Australia.
