1. Peningkatan kinerja pemerintah
DJP sebagai fiskus secara sempurna akan memiliki kewenangan atas data keuangan Wajib Pajak sesuai dengan pada pasal 35A UU No. 28 Tahun 2007 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP).
2. Peningkatan pelayanan
Core tax system akan memberikan kemudahan bagi Wajib Pajak dalam mendapatkan keseluruhan pelayanan perpajakan dari pendaftaran, pembayaran, penyampaian SPT yang tentunya akan mendorong kepatuhan perpajakan.
3. Pemberantasan korupsi
Mengurangi kemungkinan terjadinya korupsi, sebab CTS merupakan sistem berbasis teknologi dan akan mengurangi campur tangan manusia dalam proses perpajakan dan meminimalisasi terjadinya sabotase data.
4. Peluang reformasi perpajakan
Keberhasilan dalam implementasi CTS nantinya dapat  mendorong berbagai sistem berbasis teknologi terpadu lainnya dalam proses perpajakan yang semakin relevan dengan perkembangan zaman.
5. Mendorong penerimaan sektor asing
Core tax system akan memaksimalisasi peluang penerimaan perpajakan dari sektor asing yang beroperasi di Indonesia, walaupun kegiatan ekonomi atau usaha itu tidak secara fisik ada di Indonesia.
Beberapa tantangan yang ditemui dalam penyediaan core tax system, seperti
