Di podium Rossi mengenakan kemeja dengan tulisan Bahasa Italia; "Scusate il ritardo" yang artinya "Maaf atas tertundanya (juara dunia)", menekankan kegagalan Rossi mendapat gelar dalam dua tahun terakhir. Dalam tiga seri terakhir Rossi tetap tampil maksimal dengan naik podium dan salah satunya juara juga di Sepang, Malaysia.
Fakta menarik: Kemenangan Rossi di dua circuit berbeda (Laguna Seca dan Indianapolis) pada negara yang sama (Amerika Serikat) pada satu musim, serta kemenangan di Motegi yang notabene merupakan circuit yang dimiliki Honda (pesaing Yamaha), adalah tercatat sebagai pertama kalinya dalam sejarah Yamaha Rider.
Rossi kembali ke puncak, menjadi juara musim 2008, memenangkan Sembilan dari total delapan belas race, dengan unggul 93 points dari Stoner.
Pada tahun 2009, kompetisi antara Rossi dan Lorenzo; teammate nya di Yamaha semakin nyata. Rossi mengalahkan Lorenzo dalam beberapa pertempuran seru seperti di Sachsenring, Valencia dan -yang paling diingat- balapan di kandang Lorenzo di Catalunya.Â
Di Dutch GP, TT Assen, Rossi juga merayakan kemenangannya yang ke-100 selama karier Balapnya, dan tercatat menjadi pembalap kedua dalam sejarah grand prix sepeda motor - setelah Giacomo Agostini - untuk mencapai 100 kemenangan. Rossi mengakhiri musim 2009 dengan mengantongi 306 points.Â
Unggul 72 points di depan Jorge Lorenzo yang bercokol di tempat kedua. Tercatat musim 2009 sebagai musim Juara Dunia Rossi dengan jumlah kemenangan terendah; yaitu hanya enam kemenangan.
Dengan hanya mengantongi 233 points dan dua kemenangan yaitu di Qatar dan Sepang, Rossi tertinggal 150 points dari Lorenzo dan 12 points dari runner up Andrea Dovizioso, sesama Italiano Rider. Namun ia tetap meyuguhkan pertarungan-pertarungan sengit di musim itu seperti di Motegi, Catalunya dan Indianapolis.
Setelah Rossi pindah ke tim Factory Ducati pada 2011, Lorenzo bertahan dengan tim Factory Yamaha dan persaingan menjadi dingin ketika Rossi berkinerja buruk di Ducati selama dua musim sementara Lorenzo berjuang untuk kejuaraan di kedua tahun, kalah dari Stoner pada 2011 tetapi menang gelar MotoGP keduanya pada tahun 2012.
Pada Agustus 2010 Rossi mengkonfirmasi sudah menandatangani kontrak dua tahun dengan Ducati. Ia pun menguji Desmosedici untuk pertama kalinya di Valencia pada 9 November 2010, membuat penampilan pertamanya sejak terakhir menggunakan Motor Italia tahun 1999 yaitu Aprilia. Sayangnya Ducati gagal memenuhi ekspektasi team pada tes kedua di Sepang, Malaysia dan membuat Rossi tidak puas yang saat itu tercatat 1,8 detik lebih lambat dari Honda milik Casey Stoner.
