Ketua (Presiden) PDRI / Menteri Pertahanan/Penerangan dan Urusan Luar Negeri : Mr. Sjafruddin Prawiranegara (Masyumi)
Wakil Ketua (Wakil Presiden) PDRI / Menteri Pengajaran, Pendidikan, dan Kebudayaan / Urusan Dalam Negeri / Agama : Mr. Teuku Mohammad Hasan
Menteri Luar Negeri : Mr. Alexander Andries Maramis  (PNI)
Menteri Keuangan/Kehakiman : Mr. Lukman Hakim (PNI)
Menteri Perburuhan/Sosial/Pembangunan/Pemuda/Keamanan : Mr. Sutan M. Rasjid (Sosialis)
Menteri Pekerjaan Umum/Kesehatan : Ir. F. Sitompul
Menteri Perhubungan/Kemakmuran : Ir. Indratjaja
Sekretaris PDRI : Mardjono Danubroto
Selanjutnya untuk Pulau Jawa dibentuk Komisariat PDRI dibawah pimpinan Dr. Soekiman Wirjosandjojo, Mr. Susanto Tirtoprodjo, I.J. Kasimo, K.H. Masjkur, Supeno, dan Pandji Suroso. Sedangkan Panglima Besar Jenderal Soedirman diamanatkan sebagai Panglima Besar Angkatan Perang PDRI. Kolonel Abdul Haris Nasution dipercaya sebagai Panglima Tentara dan Tertorium (TT) Jawa, Kolonel Hidajat menjadi Komandan TT Sumatera, Kolonel (Laut) M. Nazir diangkat menjadi Panglima Angkatan Laut, dan Kolonel (Udara) Soedjono ditetapkan menjadi Panglima Angkatan Udara.
Susunan Kabinet dan para pejabat militer diumumkan secara luas melalui radio PHB AURI UDO, di Koto Tinggi pada 6 Januari 1949. Sejak itu Koto Tinggi menjadi ibukota PDRI, dan kemudian disebut juga ibukota Perjuangan.
Tak cukup itu, Â para tokoh sipil dan militer sepakat melakukan serangan spektakuler yang dikenal dengan sebutan Serangan Umum 1 Maret 1949. Dalam serangan ini mereka merebut Yogyakarta dari Belanda selama 6 jam.Â