Adapun peranan dari Kantoor Voor Inlandesche Zaken sendiri y ang paling terkenal adalah tentang Pengelolaan Kas Masjid. Kas Masjid adalah sejumlah uang yang dikumpulkan dan menjadi milik suatu masjid. Keungan masjid ini di peroleh dari uang nikah, zakat, wakaf dan sadaqah. Pada tanggal 4 Maret 1893, Snouck Hurgronje dan Hazeu mengusulkan pengawasan yang lebih ketat terhadap administrasi dan pengelolaan kas masjid. Mereka menyoroti perlunya menginvestigasi buku kas, peraturan tarif pernikahan, serta menginterogasi pegawai masjid untuk melindungi kas masjid dari penyalahgunaan. Ini menunjukkan adanya kekhawatiran terhadap potensi penyalahgunaan uang masjid.
Snouck Hurgronje dan Gobee mengusulkan perubahan peraturan kas masjid. Usulan-usulan ini meliputi peningkatan gaji pegawai nikah, penurunan biaya perkawinan, dan pembaruan peraturan kas masjid. Tujuannya adalah untuk mengatasi masalah kelebihan dana kas masjid dan memastikan penggunaan yang lebih sesuai dengan kepentingan masjid dan umat Islam.
Sebelum tahun 1930-an, terdapat kekhawatiran terhadap penggunaan kas masjid yang tidak sesuai dengan tujuan aslinya. Kasus-kasus seperti penggunaan dana masjid untuk membangun bangunan umum, membantu rumah sakit Kristen, atau membiayai kepentingan pribadi menunjukkan bahwa penggunaan kas masjid tidak terarah dan sering kali dilakukan oleh pihak-pihak yang tidak berhak menanganinya.
Salah satu faktor yang menyebabkan masalah dalam pengelolaan kas masjid adalah tidak adanya keterlibatan umat Islam dalam mengatur harta mereka sendiri. Pengaturan kas masjid secara umum dilakukan oleh pihak-pihak non-Islam, seperti bupati atau pegawai Eropa, sementara masyarakat Muslim non-pegawai tidak diikutsertakan dalam proses pengelolaan tersebut.
Seharusnya Kantoor Voor Inlandsche Zaken lebih  memastikan bahwa kas masjid adalah milik umat Islam dan memperbolehkan pemiliknya untuk mengatur dan mengawasi penggunaannya, penyalahgunaan dan penggunaan yang tidak sesuai dengan tujuan aslinya untuk dapat dihindari. Hal ini akan memastikan bahwa kas masjid digunakan secara efektif untuk kepentingan masjid dan umat Islam Indonesia.
Dalam konteks regional, terlihat bahwa pengaturan kas masjid di wilayah Jawa Madura sudah diatur oleh pemerintah Hindia Belanda, sedangkan di wilayah Sulawesi Selatan dan Sumatera Barat, pengaturan kas masjid lebih banyak berada di tangan rakyat setempat. Setelah Indonesia merdeka, Departemen Agama Republik Indonesia membentuk lembaga kas masjid di wilayah Sulawesi Selatan. Hal ini menunjukkan variasi dalam pengaturan kas masjid di berbagai wilayah di Indonesia pada masa penjajahan Belanda.
