Mulai tahun 2013, JNE siap berekspansi di bidang logistik, dengan berfokus pada layanan yang mencakup pergudangan, cargo, pengiriman jalur darat, sea freight, dan air freight. Di tahun 2014, JNE melakukan optimalisasi Mobile Applications untuk meningkatkan service berupa trace tracking kiriman, kemudahan transaksi digital, Free Pick up, dan COD. Di tahun 2017 JNE membangun E-Fulfillment di beberapa cabang yaitu Warehouse  Management System yang terintegrasi terkait warehousing, order fulfillment, technology development, shipping management dan delivery, menjadi solusi lengkap untuk para UKM di seluruh Indonesia.
Di tahun 2020 menyikapi perkembangan e-commerce, UKM dan perubahan daya beli masyarakat yang berubah sangat cepat serta dinamis maka dibangun Mega Hub JNE di area Bandara Internasional Soekarno -- Hatta. Dibangun diatas tanah seluas 4 hektar, Mega Hub (Automatic Sorting Center and Gateway System) ini akan memiliki kapabilitas menangani ratusan ribu paket per hari. Saat ini JNE memperluas jaringan hingga lebih dari 8000 titik layanan di seluruh Indonesia untuk mendorong kemajuan UKM dan meningkatkan perekonomian nasional.
