Pada tahun 1691, atas permintaan majelis gereja di Batavia ia mulai menerjemahkan Alkitab lengkap ke dalam bahasa Melayu tinggi, yaitu ragam bahasa yang lazim dipakai untuk menulis buku kesusastraan pada masa itu. Ia meneliti naskah-naskah Alkitab dalam bahasa-bahasa aslinya, dan dengan tekun mencari kata dan istilah bahasa Melayu yang paling tepat untuk mengalihbahasakan naskah Alkitab. Leydekker meninggal dunia pada  tahun 1701.
Jadi kalau beberapa saat lalu ada protes Alkitab dalam bahasa Minang, silakan protes sama Leydekker.
Tahun 1737 renovasi pertama dilakukan dibawah pimpinan pendeta Van De Tydt dibantu Ferreira d'Almeida, pendeta keturunan Portugis kelahiran Lisabon  dan orang-orang Mardjikers.
Pemberontakan oleh orang-orang Tionghoa pada tahun 1740 membuat gereja Tugu ikut hancur. Ini merupakan gerakan balas dendam setelah terjadi pembantaian terhadap orang-orang Tionghoa di Batavia pada masa Gubernur Jenderal Adriaan Valckenier yang berkuasa antara tahun 1737--1741.
"Orang Tionghoa  menganggap, mardjiker adalah kaki tangan VOC," kata Andre Juan Michiels, mantan ketua IKBT.
Atas bantuan Yustinus Vinck pada 1744 gereja ini dibangun kembali dan baru selesai pada 29 Juli 1747. Kemudian diresmikan pada tanggal 27 Juli 1748 oleh pendeta J.M. Mohr. Gereja ketiga dibangun beberapa ratus meter dari gereja yang dirusak.
Meskipun bangunannya yang asli telah beberapa kali direnovasi, bentuknya masih sama dengan bangunan yang pertama. Dinding dicat putih, sementara jendela dan pintu berwarna coklat.
 Berdasarkan Peraturan Daerah DKI Jakarta No.9 tahun 1999 Gereja Tugu sudah menjadi cagar budaya.
