Setelah adanya kampanye dan sosialisasi zakat secara intensif, tingkat pengumpualan zakat harta meningkat. Meskipun demikian, banyak yang menilai bahwa mekanisme penalti masih harus diterapkan. Secara umum, Undang-undang mengenakan penalti sebesar 1.000 ringgit dan/atau penjara selama enam bulan jika terbukti adanya penyelewengan pembayaran  zakat.  Namun  hasil  penelitian  menunjukkan bahwa masyarakat lebih cenderung memilih membayar penalti daripada membayar zakat secara periodik. Hal ini tentu perlu diatasi dengan berbagai kerangka kebijakan dan penegakan hukum yang lebih efektif. Oleh karena itu, pada tahun 2004, Malaysia meresmikan Departemen Zakat dan Haji (JAWHAR) bernaung di bawah Departemen Perdana Menteri.
Di malaysia zakat dikelola oleh setiap negara bagian dengan hak dan wewenang penuh. Jadi zakat tidak di himpun dan didistribusikan secara terpusat, setiap negara bagian mempunyai organisasi zakat berbentuk perusahaan swasta pengelolaan zakat dan baitul mal atau jawatan kuasa zakat di bawah kuasa Majelis Agama Islam Negeri dengan dasar, tujuan dan fungsi masing-masing. dibeberapa negara bagian pengumpulan dan penyaluran zakat dilaksanakan oleh 2 lembaga ini. Pengumpulan zakat dilakukan oleh sebuah perusahaan swasta yang berada di bawah Menteri Agama Islam, sedangkan penyalurannya dilakukan oleh Baitull Maal.[4]
Sistem pengelolaan zakat di Malaysia dapat dikategorikan dalam tiga jenis; pertama, sistem korporasi, dimana pengumpulan dan pendistribusian zakat dikelola oleh sebuah korporasi. Sistem ini diterapkan di wilayah Selangor, Sarawak, dan Penang. Kedua, sistem semi korporasi, dimana perusahaan hanya mengelola proses pengumpulan zakat, sedangkan proses distribusi ditangani oleh pemerintah negara bagian. Mekanisrne ini diterapkan di Malaka, Negeri Sembilan, Pahang, dan wilayah federal. Ketiga, pengelolaan zakat secara penuh oleh pemerintah negara bagian atau Majlis Ugama Islam, system ini diterapkan pada wilayah selain yang telah disebutkan. Dalam beberapa tahun terkahir, wilayah Selangor, Sarawak, dan Pahang menunjukkan perbaikan dan peningkatan berbagai aspek yang menyangkut pengelolaan zakat. Hal ini menunjukkan bahwa sistem pengelolaan zakat secara korporasi lebih berhasil di Malaysia.
Adapun hubungan zakat dan pajak di Malaysia, maka regulasi yang berlaku di Negara tersebut menetapkan bahwa zakat dapat mengurangi kewajiban pajak. Hal itu berlaku jika Muzakimembayarkan zakatnya ke lembaga zakat yang diakui oleh kerajaan seperti Pusat Pungutan Zakat (PPZ) Selangor dan yang lain. Jadi, jika seorang Muzakimembayar zakat ke PPZ, maka zakat yang telah dibayarkan bisa mengurangi beban pajak yang ditanggung.
Berdasarkan hasil kajian berbagai pihak di Malaysia, yang menjadi faktor penyebab kenaikan pengumpulan zakat di Malaysia adalah[5] :
Kampanye zakat yang semakin meluas,
Adanya zakat sebagai pengurang pajak, dan
Peningkatan kesadaran berzakat umat Islam di Malaysia. Sementara cara pembayaran zakat yang paling banyak dilakukan oleh muzakki (pembayar zakat) di Malaysia adalah melalui pemotongan secara langsung gaji para pegawai pemerintah atau karyawan perusahaan swasta.
Pada awalnya sistem pemungutan pajak yang diterapkan di Malaysia adalah Official Assessment System. Terkait dengan penerapan sistem ini pemerintah menggunakan konsep Preceding Year Basis Of Assessment untuk menghitung besarnya pajak. Dalam konsep ini jumlah penghasilan yang dijadikan sebagai dasar pengenaan pajak untuk tahun berjalan adalah penghasilan tahun sebelumnya. Akan tetapi sebagai bagian dari upaya modernisasi pengadministrasian sistem perpajakan di malaysia pemerintah pada tahun 1999 mengumumkan perubahan sistem tersebut menjadi Self Assessment System.Terhitung sejak tanggal 1 Januari 2000 pemerintah Malaysia mengganti Preceding Year Basis Of Assessmentdengan Current Year Basis Of Assessment.[6]
Di malaysia terdapat 2 (dua) lembaga yang berwenang mengurus masalah perpajakan, yaitu Lembaga Hasil Dalam Negri Malaysia (LHDN) dan Departemen Kepabeanan dan Cukai yang berada dibawah kementerian keuangan Malaysia. lembaga hasil dalam negeri berwenang mengelola jenis pajak langsung seperti pajak penghasilan badan dan individu, pajak penghasilan dari minyak dan gas bumi, pajak atas keuntungan dari penjualan tanah dan bangunan, serta bea materai. sedangkan departemen kepabeanan dan cukai mengelola pajak tidak langsung yang terdiri dari bea cukai, bea masuk, peajak penjualan, pajak atas jasa, pajak atas hiburan dan beberapa jenis pajak lainnya.[7]
LHDN di bentuk pada 1 Maret 1996 dengan undang-undang lembaga hasil dalam negeri Malaysia 1995 untuk memberikan otonomi dalam manajemen keuangan dan sumber daya alam dalam rangka meningkatkan kualitas dan efisiensi administrasi perpajakan di Malaysia, fungsi yang dijalankan oleh LHDN yaitu[8] :
