Umar bin Khaththab langsung berkata kepada Abu Bakar, “Jangan tinggalkan sebelum dia membaiat!”
Basyir bin Sa’d yang berada dekat dengan Umar juga berkata, “Ia adalah seorang kepala batu dan ia telah menolak untuk membaiat. Ia tidak akan membaiat sampai ia terbunuh. Kalau ia dibunuh, harus dibunuh juga anaknya, keluarganya, dan sebagian dari kaumnya. Maka lebih baik, tinggalkan! Ia tidak akan merugikan kamu. Ia hanya seorang diri!”
Sejak peristiwa Saqifah, Sa’ad bin Ubadah tidak shalat dan tidak berkumpul dengan mereka. Sa’ad bin Ubadah memilih hidup di Syam dan dibunuh pada 15 Hijriah oleh Muhammad bin Maslamah Al-Anshari yang dibantu Khalid bin Walid.
Sejak keputusan di Saqifah Bani Sa’idah, terpilihlah Abu Bakar bin Abi Quhafah menjadi khalifah pertama (632-634 Masehi). Memang tidak semua umat Islam membaiatnya. Sa’d bin Ubadah dan kelompok Anshar tidak berbaiat. Juga keluarga Rasulullah saw tidak memberikan baiat kepada Abu Bakar.
Selama memerintah, Khalifah Abu Bakar menghentikan pemberian khumus kepada kerabat (keluarga) Rasulullah saw dan membakar Fuja`ah Al-Silmi hidup-hidup, tidak menghukum Khalid bin Walid yang membunuh Malik bin Nuwairah, melarang penulisan sunah Nabi Muhammad saw, dan memfatwakan saham jiddah (nenek) tidak ada di dalam al-Quran dan sunah Rasulullah saw.
Beberapa kebijakan Khalifah Abu Bakar yang dinilai sebagai kontribusi terhadap Islam, yaitu memerangi orang-orang murtad yang dipelopori suku Ghatafan, melawan nabi-nabi palsu di Jazirah Arab dan Yaman, dan meluaskan syiar Islam ke wilayah kekaisaran Bizantium (Romawi) dan Sasanid (Persia).
Sebelum meninggal, Khalifah Abu Bakar yang sedang sakit keras akibat diracun musuhnya mengangkat Umar bin Khaththab menjadi penggantinya melalui wasiat. Khalifah Abu Bakar meminta Utsman bin Affan untuk menulis surat wasiat yang isinya mengangkat Umar bin Khaththab sebagai penggantinya.
Setelah diumumkan, Khalifah Abu Bakar bertanya kepada pengawalnya, Muaiqab Ar-Rusi, tentang pengangkatan Umar. Muaiqab menjawab: “Ada yang setuju dan ada yang tidak.”
Khalifah Abu Bakar bertanya lagi: “Mana yang lebih banyak?”
Muaiqab menjawab: “Yang tidak setuju.”
Kemudian Abu Bakar berkata: “Kebenaran pada awalnya selalu memperlihatkan sisi pahitnya, meski akhirnya yang jadi pemenang.”
