Ketiga pemuda ini juga menemui hambatan ketika ingin belajar di perguruan lain karena dicurigai ingin mencuri jurus-jurus yang dirahasiakannya. Sebagian rintangan ini dapat diatasi berkat rekomendasi dari Marjoen Soedirohadiprodjo.
Selama beberapa tahun mereka mempelajari pencak silat ke berbagai daerah, di antaranya yaitu silat Cingkrik Betawi dari Mohamad Saleh. Untuk pencak Jawa Barat mereka berguru kepada Aan Marzoeki dan Hidajat, yaitu aliran Cimande, Madi, Sabandar, Kari, dan Taji. Selain itu juga berguru Pencak Jawa Kombinasi dari Salamoen Prodjosoemitro, Silek Pariaman dari Itam, dan Silek Lintau dari Amiroeddin. Kemudian mereka mengambil gerakan yang paling efektif dan estetis kemudian dikombinasikan menjadi suatu bentuk baru yang bersifat nasional, sebagaimana tercermin dalam pilihan namanya Nusantara untuk merujuk ke kepulauan Indonesia.
Pembaharuan yang dimulai di antaranya yaitu memisahkan secara tegas pembinaan pencak silat gerak dan aspek dalam. Metode latihan tradisional dirubah menjadi metode latihan yang sistematis, jelas materi latihan, kurikulum, dan tahapan belajarnya. Diadakan tes dan evaluasi secara teratur serta diberikan atribut yang tampak jelas dari luar untuk tiap tahapan pelajaran. Study group ini mempelopori adanya pertandingan pencak silat olahraga dan menyelenggarakan peragaan-peragaan yang atraktif. Di samping itu, study group ini juga membantu PB IPSI dalam membenahi sisi organisasi.
Langkah pembaharuan yang disusul dengan langkah uji coba ini segera membuahkan hasil. Kelompok studi ini semakin membesar dan melalui berbagai pertandingan pencak silat prestasi kelompok ini segera mencuat. Bahkan metode latihan yang dipakai untuk menyiapkan pesilat dalam menghadapi sebuah kejuaraan menjadi contoh untuk perguruan lain. Hal inilah yang membuat kelompok studi ini pada Munas IPSI tahun 1973 diangkat sebagai salah satu dari 10 Perguruan Historis Pencak Silat di dalam PB IPSI. Pada tanggal 28 Juli 1973 study group ini mengubah dirinya menjadi Keluarga Pencak Silat Nusantara.
Perguruan Pencak Silat Beladiri Tangan Kosong Merpati Putih atau disingkat PPS Betako Merpati Putih didirikan pada tanggal 2 April 1963 di Yogyakarta. Jauh pada masa sebelumnya, ilmu Merpati Putih diwariskan secara turun-temurun di lingkungan keluarga pada masa Sampeyan Dalem Ingkang Sinuhun Kanjeng Susuhunan Pangeran Prabu Mangkurat Ingkang Jumeneng Ing Kartosuro atau yang lebih dikenal dengan sebutan Sri Susuhunan Amangkurat II, pendiri sekaligus raja pertama Kasunanan Kartosuro yang memerintah pada tahun 1677 s.d. 1703.
Karena kondisi yang ditimbulkan oleh penjajah kolonial Belanda pada saat itu, Pangeran Prabu Amangkurat II mengadakan pengungsian di daerah Bagelen, wilayah terpencil di Yogyakarta, bersama cicit perempuannya, yaitu R.A. Djojoredjoso. Disela-sela kesibukannya dalam memikirkan mengatur situasi kenegaraan (kerajaan), beliau sempat membimbing, menggembleng serta mengawasi cicitnya dalam menekuni ilmu beladiri.
R.A. Djojoredjoso kemudian mewariskan ilmunya kepada tiga orang putranya, yaitu Gagak Handoko, Gagak Samoedro, dan Gagak Seto, menurut spesialisasinya masing-masing. Gagak Samoedro diwarisi ilmu pengobatan, Gagak Seto diwarisi ilmu sastra dan Gagak Handoko diwarisi seni beladiri.
Konon tiga saudara ini tercerai berai karena kondisi penjajahan kolonial pada saat itu. Semasa pelariannya, Gagak Samoedro mendirikan perguruan di Gunung Jeruk di daerah Pegunungan Menoreh. Gagak Handoko mendirikan perguruan di daerah Bagelen, yang akhirnya pindah ke daerah utara Pulau Jawa. Gagak Seto mendirikan perguruan di daerah sekitar Magelang, Jawa Tengah.
Lewat Raden Gagak Handoko inilah garis sejarah warisan ilmu yang dikenal sebagai Merpati Putih tidak terputus. Namun Gagak Handoko mengerti bahwa ajaran perguruan tersebut sebenarnya kurang lengkap, maka beliau tidak segera mengembangkan dan menurunkan kepada keturunannya, akan tetapi berusaha keras menelaah dan menjabarkan ilmu tersebut lalu menuangkan dalam gerakan silat dan tenaga tersimpan yang ada di naluri suci.
Beliau sadar akan usia ketuaannya yang tidak sanggup lagi melanjutkan pengembangannya, maka beliau memberi mandat penuh dan amanat kepada keturunannya, yaitu R. Bongso Permono Ing Ngoelakan Wates, untuk melanjutkan perkembangan perguruan. Dan setelah Gagak Handoko menyerahkan tumpuk kepemimpinan perguruan, beliau lalu pergi menyepi bertapa hingga sampai meninggalnya di Gunung Jeruk.
