Presiden Suharto ketika itu menyatakan sikap bahwa Indonesia tidak punya ambisi teritorial; Indonesia menghormati hak rakyat Timor Timur untuk menentukan nasib sendiri; dan bila Timor Timur ingin bergabung dengan Indonesia, tidak mungkin bergabung sebagai negara, melainkan sebagai bagian dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Jika pertemuan dengan Indonesia membuahkan sedikit peluang, berbeda dengan Portugal yang berakhir tanpa hasil sebagaimana juga Australia yang menolak keinginan mereka. Akibatnya terbentuk faksi-faksi di antara partai-partai untuk menentukan masa depan Timor Timur.Â
Koalisi Fretilin dan UDT menginginkan Timor Timur menjadi negara merdeka, namun dalam perkembangannya UDT berkoalisi dengan Apodeti yang menginginkan berintegrasi dengan Indonesia. Belakangan KOTA dan Trabalhista merapat ke koalisi Apodeti.
Perang Saudara, Proklamasi Tandingan dan Campur Tangan Amerika
Perbedaan pendirian di antara dua koalisi memicu perang saudara yang berlangsung selama sepekan (20-27 Agustus 1975). Konflik bersenjata ini dimenangkan oleh Fretilin yang kemudian secara de facto memegang kendali atas Timor Portugis.Â
Partai pro-kemerdekaan ini lantas membentuk pemerintahan sementara sambil mencoba berkomunikasi dengan Portugal. Tetapi karena prosesnya dipandang lambat dan mengecewakan maka Fretilin lantas memproklamirkan kemerdekaan Timor Timur secara sepihak pada 26 Nopember 1975 dengan nama Republik Demokratis Timor Leste.Â
Portugal menyatakan dukungannya, sedangkan Indonesia menyatakan keberatannya karena sebelumnya telah ada kesepakatan dengan Portugal saat pertemuan di Roma.
Menyusul sikap Indonesia, koalisi Apodeti, UDT, Trabalhista dan KOTA mengadakan proklamasi tandingan di Balibo pada 30 Nopember 1975 dan menyatakan Timor Timur sebagai bagian dari Indonesia. Proklamasi ini ditindaklanjuti dengan pembentukan pasukan koalisi yang terdiri dari para pengungsi dari perbatasan Timor Barat yang jumlahnya mencapai 40 ribu orang.Â
Milisi inilah yang melakukan penyerangan terhadap kedudukan Fretilin dengan dukungan militer Indonesia. Ada kalangan yang menyebut bahwa operasi militer Indonesia di Timor Timur ikut dudukung oleh Amerika Serikat yang khawatir Timor Timur jatuh ke dalam pengaruh komunis.Â
Hasilnya pasukan pro-integrasi berhasil memenangkan perang dan segera membentuk Pemerintahan Sementara Timor Timur.