Berbekal kewenangan menata kelembagaan pemerintah daerah dengan cara dan kearifan lokalnya sendiri, DIY memanfaatkannya untuk mengatur ulang susunan perangkat pemerintahan daerahnya.Â
Contohnya, DIY menginisiasi Parampara Praja yang tak ada padanannya di daerah lain.
Parampara Praja merupakan semacam Dewan Pertimbangan Gubernur yang anggotanya berasal dari tokoh masyarakat. Lembaga ini bertugas memberikan masukan dan pertimbangan strategis bagi Gubernur sebagai kepala daerah.
Selain itu DIY juga merombak sebagian nomenklatur pemerintah daerah dengan istilah yang khas Yogyakarta. Misalnya sebutan "kecamatan" di DIY kini sudah hilang dan menjadi "kapanewon" (untuk wilayah kabupaten) dan "kemantren" (untuk wilayah kota). Jabatan "camat" juga di-rebranding menjadi "panewu" dan "mantri pamong praja".
DIY juga tidak mengenal desa lagi. Sebab kini istilah "desa" sudah bersalin wujud menjadi "kalurahan" yang dipimpin oleh seorang "lurah". Sekretaris desa kembali disebut dengan istilah lamanya sebagai "carik". Masih banyak istilah-istilah unik lain yang serupa dengan beberapa contoh tadi.
Selanjutnya, Kasultanan Ngayogyakarta (Kraton) dan Kadipaten Pakualaman juga diakui oleh UU sebagai entitas monarki yang sah dan berhak menguasai tanah-tanah dengan status Sultanaat Grond (SG) dan Pakualamanaat Grond (PAG).
Lalu, DIY juga memiliki keistimewaan untuk mengatur tata ruang SG dan PAG tersebut. Untuk menjalankan dua tugas khusus tersebut, DIY membentuk Kundha Niti Mandala sarta Tata Sarana (Dinas Pertanahan dan Tata Ruang).
Sayangnya untuk keistimewaan pertanahan dan tata ruang, harus diakui Kundha Niti Mandala sarta Tata Sarana belum terlalu tampak tajinya. Status istimewa tanah SG dan PAG justru menimbulkan pro-kontra di antara warga Yogyakarta.
Di satu sisi, UUK DIY memang memberikan kepastian hukum terhadap status tanah SG dan PAG yang selama ini sudah lazim dikenal dalam kultur masyarakat Yogyakarta tapi tak ada dasar hukumnya.
Akan tetapi di sisi lain, peraturan ini juga memberi kedudukan hukum yang lebih kuat bagi pihak Kraton dan Kadipaten di hadapan warga biasa.Â
Jika terjadi sengketa tanah antara warga biasa melawan pihak Kraton/Pakualaman atas tanah yang diklaim sebagai SG atau PAG, hampir bisa dipastikan warga biasa akan kalah di pengadilan.
