Di Pulau Flores. Sebelumnya Provinsi Nusa Tenggara Timur adalah daerah bebas rabies secara historis, sampai dilaporkannya kasus rabies untuk pertama kali di Kota Larantuka, Kabupaten Flores Timur tahun 1997.
Pernyataan berjangkitnya wabah rabies di Pulau Flores dinyatakan dalam Keputusan Menteri Pertanian Nomor 756/Kpts/TN.510/98.
Dalam jangka waktu empat tahun berikutnya, rabies sudah menyebar ke Kabupaten Sikka (1998), Kabupaten Ende (1999), Kabupaten Lembata (1999), Kabupaten Ngada (2000), dan Kabupaten Manggarai (2000).
Kabupaten Manggarai Barat yang terletak di ujung barat Pulau Flores merupakan daerah bebas rabies hingga tahun 2004, dimana dilaporkan adanya kasus rabies di kabupaten ini, menjadikan seluruh kabupaten di pulau flores sebagai daerah endemik
Di Pulau Bali. Sebelumnya, Provinsi Bali adalah daerah bebas Rabies secara historis, sampai dengan dilaporkannya kasus rabies pertama kali yang mengakibatkan kematian manusia di Kabupaten Badung (2008).
Dalam hal ini, Pemerintah Indonesia menerbitkan Keputusan Menteri Pertanian Nomor 16371.1/Kpts/PD.610/12/2008 yang menyatakan rabies berjangkit di Kabupaten Badung.
Rabies kemudian juga berjangkit di Kota Denpasar (2008) dan dalam jangka waktu dua tahun terus menyebar ke seluruh kabupaten di Provinsi Bali (2010)
Di Pulau Nias. Setelah sekian lama Pulau Nias dinyatakan sebagai daerah bebas historis rabies, pada awal tahun 2010 muncul wabah rabies untuk pertama kalinya, yang merenggut nyawa di Kota Gunung Sitoli.
Pernyataan berjangkitnya rabies ditetapkan melalui Keputusan Menteri Nomor 1242/Kpts/PD.620/3/2010. Penyakit ini kemudian menyebar secara cepat ke seluruh kabupaten di Pulau Nias, sehingga keseluruhan Pulau Nias saat ini dinyatakan sebagai wilayah endemis rabies
Di Kabupaten Dompu. Sebelumnya, Provinsi Nusa Tenggara Barat dinyatakan sebagai daerah bebas historis rabies melalui Keputusan Menteri Pertanian Nomor 316/Kpts/PK.320/5/2017.
Pada awal tahun 2019, muncul wabah rabies di Kabupaten Dompu yang menyebabkan korban manusia yang meninggal dunia.
