Yang menjadi inti pokok pembahasan kita adalah sistem pemerintahan Indonesia yang dibagi menjadi :
- Sistem Pemerintahan Indonesia Bedasarkan UUD 1949 Sebelum Diamandemen
Sebelum diamandemen, UUD 1945 mengatur kedudukan lembaga tertinggi dan lembaga tinggi negara, serta hubungan antar lembaga-lembaga tersebut. Undang-Undang Dasar merupakan hukum tertinggi, kemudian kedaulatan rakyat diberikan seluruhnya kepada MPR (Lembaga Tertinggi). MPR mendistribusikan kekuasaannya (distribution of power) kepada 5 Lembaga Tinggi yang sejajar kedudukannya, yaitu Presiden, Mahkamah Agung (MA), Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), Dewan Pertimbangan Agung (DPA) dan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR).
 
Sistem Pemerintahan Negara Indonesia Berdasarkan UUD 1945 Sebelum Diamandemen
Pokok-pokok sistem pemerintahan Indonesia berdasarkan UUD 1945 sebelum diamandemen tertuang dalam Penjelasan UUD 1945 tentang 7 kunci pokok sistem pemerintahan negara indonesia, sebagai berikut:
- Sistem Konstitusional.
- Indonesia merupakan negara yang berdasarkan atas hukum (rechtsstaat).
- Kekuasaan tertinggi negara ada di tangan MPR (Majelis Permusyawaratan Rakyat).
- Kekuasaan kepala negara tidak tak terbatas.
- Presiden tidak bertanggung jawab kepada Dewan Perwakilan Rakyat.
- Presiden merupakan penyelenggara pemerintah negara yang tertinggi dibawah MPR (Majelis Permusyawaratan Rakyat)
- Menteri negara adalah pembantu presiden, menteri negara tidak bertanggung jawab kepada DPR (Dewan Perwakilan Rakyat).
Dari tujuh pokok-pokok sistem diatas , sistem pemerintahan Indonesia menurut UUD 1945 adalah menganut sistem pemerintahan Presidensial yang dijalankan semasa pemerintahan Orde Baru.
Ciri dari sistem pemerintahan Presidensial kala itu ialah adanya kekuasaan yang sangat besar pada lembaga kepresidenan. Hampir semua kewenangan presiden yang di atur menurut UUD 1945 tersebut dilakukan tanpa melibatkan persetujuan maupun pertimbangan DPR sebagai wakil rakyat.Â
Karena tidak adanya pengawasan dan persetujuan DPR, maka kekuasaan presiden sangat besar dan cenderung mudah disalahgunakan. Mekipun adanya kelemahan, kekuasaan yang besar pada presiden juga ada dampak positifnya yaitu presiden dapat mengendalikan seluruh penyelenggaraan pemerintahan sehingga mampu menciptakan pemerintahan yang solid dan kompak serta Sistem pemerintahan lebih stabil, tidak mudah jatuh atau berganti. Namun, dalam praktik perjalanan sistem pemerintahan di Indonesia pada masa itu ternyata kekuasaan yang besar dalam diri presiden lebih banyak merugikan bangsa dan negara daripada keuntungan yang didapatkan.
2. Sistem pemerintahan Indonesia Berdasarkan UUD 1945 Setelah Diamandemen
Salah satu tuntutan Reformasi 1998 ialah dilakukannya amandemen pada UUD 1945. Latar belakang tuntutan perubahan UUD 1945 antara lain karena pada masa Orde Baru, kekuasaan tertinggi di tangan MPR (namun kenyataannya bukan di tangan rakyat), kekuasaan yang sangat besar pada Presiden, adanya pasal-pasal yang terlalu "luwes" (yang dapat menimbulkan mulitafsir), serta kenyataan rumusan UUD 1945 tentang semangat penyelenggara negara yang belum cukup didukung ketentuan konstitusi.Â
Tujuan perubahan UUD 1945 waktu itu ialah menyempurnakan aturan dasar seperti tatanan negara, HAM, kedaulatan rakyat, pembagian kekuasaan, eksistensi negara hukum dan negara demokrasi, serta hal-hal lain yang sesuai dengan perkembangan aspirasi dan kebutuhan bangsa. Perubahan UUD 1945 dengan kesepakatan diantaranya tidak mengubah Pembukaan UUD 1945, tetap mempertahankan susunan kenegaraan (staat structur) kesatuan atau selanjutnya lebih dikenal sebagai Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), serta mempertegas sistem pemerintahan presidensil.
