Kabupaten Toba Samosir dimekarkan dari Kabupaten Daerah Tingkat II Tapanuli Utara setelah menjalani waktu yang cukup lama dan melewati bergai proses, sejal usulan resmi di tahun 1992 pada akhirnya terwujud menjadi kabupaten baru. Sesudah 6 (enam) tahun kemudian dengan Undang-undang Nomor 12 Tahun 1998 tentang pembentukan Kabupaten Daerah Tngkat II Toba Samosir dan Kabupaten Daerah Tingkat II Mandailing Natal. Kabupaten Toba Samosir diresmikan pada tangga 9 Maret 1999 bertempat di Kantor Gubernur Sumatera Utara oleh Menteri Dalam Negeri Syarwan Hamid atas nama Presiden Republik Indonesia sekaligus melantik Drs. Sahala Tampubolon selaku Penjabat Bupati Toba Samosir. Seterusnya Penjabat Bupati melantik Drs. Parlindungan Simbolon sebagai Sekretaris Daerah Kabupaten Toba Samosir dan perangkat daerah lainnya.
      Setelah peresmian Kabupaten Toba Samosir selanjutnya diikuti dengan mengangkat M.P Situmorang sebagai Ketua DPRD sementara. Kemudian dilakukan pemilihan pemilihan pimpinan DPRD dan terpilih Drh. Unggul Siahaan sebagai Ketua DPRD Kabupaten toba Samosir, M.A Simanjuntak dan Drs. L.P Sitanggang masing-masing sebagai Wakil Ketua.
      Pada tahun 1999, dilaksanakan pemilihan umum legislatif Di Indonesia dan hasilnya terpilih 35 (tiga puluh lima) orang Anggota DPRD Kabupaten Toba Samosir, selanjutnya melalui pemilihan Pimpinan DPRD Kabupaten Toba Samosir masa bakti 1999-2004 terpilih Ir. Bona Tua Sinaga sebagai Ketua, Sabam Simanjuntak, Drs. Vespasianus Panjaitan, Letkol W. Nainggolan masing-masing sebagai Wakil Ketua.
      Pada tahun 200, melalui pemilihan Bupati KDH/ Wakil Bupati KDH di DPRD, terpilihlah Drs. Sahala Tampubolon sebagai Bupati dan Maripul Sojuangon Manurung, SH sebagai Wakil Bupati Toba Samosir masa bakti 2000 s/d 2005.
Pada awal pembentukannya, kabupaten ini terdiri atas 13 (tiga belas) kecamatan, 5 (Lima) kecamatan pembantu, 281 (dua ratus delapan puluh satu) desa dan 19 (sembilan belas) kelurahan dengan batas wilayah administrasi :
Sebelah Utara       : Kabupaten Karo dan Kabupaten Simalungun
Sebelah Timur       : Kabupaten Asahan dan Kabupaten Labuhan Batu
Sebelah Selatan      : Kabupaten Tapanuli Utara
Sebelah Barat       : Kabupaten Dairi
Seiring dengan perjalanan pemerintahan kabupaten ini, jumlah kecamatan mengalami perubahan secara bertahap. Pada awal tahun 2002 melalui Peraturan Daerah Kabupaten Toba Samosir Nomor 7 Tahun 2002 Tentang Pembentukan Kecamatan Ajibata, Pintu Pohan Meranti, Uluan dan Ronggur Nihuta dibentuk 5 (lima) kecamatan baru yakni pendefinitifan 4 (empat) kecamatan pembantu menjadi 4 (empat) kecamatan definitif. Ke empat kecamatan tersebut adalah Kecamatan Ajibata, Keccamatan Pintu Pohan Meranti, Kecamatan Uluan dan Kecamatn Ronggur Nihuta. Kuatnya keinginan dan aspirasi masyarakat untuk maju, terlihat pada masyarakat Kecamatan Borbor dimana permintaan pemekaran diikuti dengan penyerahan lahan lokasi perkantoran dan penyediaan sarana gedung kantor kecamatan baru secara swadaya oleh masyarakat. Kondisi ini dinilai oleh pemerintah sebagai bukti kesungguhan masyarakat yang mendambakan wilayahnya dimekarkan menjadi kecamatan baru. Dengan demikian berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Toba Samosir Nomor 8 Tahun 2002 terbentuklah Kecamatan Borbor yang dimekarkan dari Kecamatn Habinsaran.
Kondisi pemekaran kecamatan berlanjut hingga akhir tahun 2002, dimana adanya aspirasi masyarakat yang cukup kuat dalam menyuarakan pemekaran, dimana Kecamatan Harian dimekarkan menjadi 2 (dua) kecamatan yakni Kecamatan Harian dan Kecamatan Sitiotio sebagai kecamatan pemekaran baru. Kecamatan ini resmi dimekarkan dengan dikeluarkannya Peraturan Daerah Nomor 13 Tahun 2003 Tentang Pembentukan Kecamatan Sitiotio Di Kabupaten Toba Samosir.
