Jam'iyatul Qurra' wal Huffazh (JQH);
Persatuan Guru Nahdatul Ulama (Pergunu);
Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII);
Pencak Silat Pagar Nusa;
Jam'iyah Ahlit Thariqah Al Mu'tabarah an Nadhliyah (Jatman);
Ikatan Sarjana Nahdatul Ulama (ISNU);
Serikat Buruh Muslimin Indonesia (Sarbumusi);
Serikat Nelayan Nahdatul  Ulama (SNNU);
Perhimpunan Dokter Nahdatul Ulama (PDNU), Untuk Badan Otonom terakhir ini sudah diusulkan saat dilaksanakannya Muktamar ke 34 di Lamapung tahun 2021.
Dengan mengenali lembaga yang ada dalam organisasi NU, juga badan Otonom NU yang berdiri untuk melaksanakan kebijakan orgaisasi NU, maka sudah barang tentu selama generasi penerus NU bergabung disalah satu lembaga atau badan otonom dimaksud, dapat dipastikan bahwa generasi penerus NU ini akan sejalan dengan Aswajanya NU dan pemerintah. Sebaliknya, jika generasi NU ini ikut dan aktif dengan organisasi diluar lembaga atau badan otonom NU belum ada jaminan bahwa amaliyah dan pola pikirnya sejalan dengan Aswajanya NU, yaitu Aswaja yang sebagaimana dikatakan oleh KH. Bisri Musthofa:
"Aswaja itu, paham yang mengaanut pola madzhab fikih yang empat, Imam Syafi'i, Imam Hanafi, Imam Hambali dan Imam Maliki. Selain itu Aswaja juga disebut sebagai paham yang mengikuti Al-Asy'ari dan Al-Maturidi dalam bidang akidah, dalam bidang tasawuf mengikuti Al-Junaidi Al-Baghdadi dan Al-Ghazali".
