Lembaga Takmir Masjid Nahdatul Ulama (LTMNU);
Lembaga Falakiyah Nahdatul Ulama (LFNU);
Lembaga Penanggulangan Bencana &Perubahan Iklim Nahdatul Ulama (LPBPINU);
Lembaga Ta'lif Wan Nasyr Nahdatul  Ulama (LTNNU);
Lembaga Perguruan Tinggi Nahdatul Ulama (LPTNU).
Kedua, Lembaga dalam bentuk Badan Otonom NU, yaitu perangkat organisasi Nahdatul Ulama yang berfungsi melaksanakan kebijakakn Nahdatul Ulama yang berkaitan dengan kelompok masyarakat tertentu dan beranggotaan perorangan. Badan Otonom dikelompokkan dalam kategori Badan Otonom Berbasis Usia dan kelompok masyarakat tertentu, juga terdapat Badan Otonom berbasis profesi dan kekhususan lainnya. Adapun Jenis Badan Otonom berbasis usia dan kelompok masyarakat tertentu adalah: