Sebagai provinsi yang terletak di tengah -- tengah wilayah Indonesia memang menjadikan potensi Provinsi Kalimantan Timur sebagai kandidat kuat ibu kota baru, namun bukannya provinsi Kalimantan Utara tidak mempunyain kelemahan dengan dipilihnya sebagai ibu kota baru Indonesia. Terdapat beberapa kelemahan yang ada di Provinsi Kalimantan Timur, seperti lokasi Kalimantan Timur yang dekat dengan Daerah Aliran Sungai (DAS) membuatnya sedikit rawan dengan permasalahan banjir seperti di ibu kota sebelumnya. Kedua, adanya proyek pemindahan ibu kota ke Provinsi Kalimantan Timur, berpotensi peningkatan penduduk yang dapat meningkat drastis pasalnya para pegawi negeri di pemerintahan pusat bakal ikut dipindahkan ke lokasi ibu kota baru, dengan begitu ketersediaan air bersih di Provinsi Kalimantan Timur pada saat ini dinilai masih kurang untuk memenuhi kebutuhan ketika pusat pemerintah sudah dipindahkan, walaupun saat ini Provinsi Kalimantan Timur memiliki waduk Samboja sebagai salah satu sumber air bersinya.
Selain permasalahan diatas, pemerintah juga mempunyai permasalahan pada masyarakat setempat Kalimantan Timur yang mungkin saja terjadi akibat pemindahan ibu kota baru. Rencana pemindahan ibu kota baru ke Provinsi Kalimantan Timur sebagai pusat pemerintahan baru pasti aka ada pembangunan secara besar. Kondisi sosial masyarakat Kalimantan Timur ditakutkan dapat terpengaruh dengan pembangunan besar yang akan dilakukan, karena selama ini Provinsi Kalimantan Timur pembangunannya tidak sebersar di DKI Jakarta. Kondisi sosisal masyarakat yang tidak siap dengan rencana pembagnunan akan dapat mengubah pola pikir masyarakat di Provinsi Kalimantan Timur secara langsung maupun tidak langsung pasti akan keliatan perbedaan kondisi sosial masyarakat Kalimantan Timur sebelumnya dengan sesudah adanya rencana pembangunan dan banyaknya aktivitas pembangunan yang pasti dilakukan secara besar -- besaran di lokasi ibu kota baru.
